El monasterio de Siandema fue fundado en la segunda mitad del siglo XVI por el venerable Afanásio, discípulo y amigo del venerable Alejandro de Svir. Afanásio, tras recibir el hábito monástico en Valaam, se retiró con algunos discípulos a los bosques de Carelia tras la muerte de su maestro. En una colina entre los lagos Siandema y Roshchinskoye, cerca de Olonets, fundó el desierto de Siandema. Este pintoresco lugar estaba bajo la administración de la diócesis de Novgorod. Con la bendición del arzobispo Pimen, Afanásio construyó una capilla en honor a la Santísima Trinidad y ocho celdas, reuniendo a su alrededor a diez monjes. Sin embargo, pronto regresó al monasterio de Svir, donde se convirtió en igumen, dejando el desierto sin supervisión.

No se sabe cuánto tiempo Afanásio estuvo a cargo del monasterio de su maestro, pero a finales del siglo XVI ya figuraba como ex-igumen y pidió al arzobispo Alejandro permiso para construir en el lugar del desierto un monasterio con un templo en nombre de la Santísima Trinidad y asignar tierras para cultivos. Al recibir el permiso, Afanásio fundó una comunidad masculina, donde la hermandad vivía de su trabajo, dando ejemplo.

El venerable Afanásio falleció en avanzada edad y fue enterrado en el cabo del lago Roshchinskoye, donde más tarde se erigió una iglesia en honor a los santos Afanásio y Cirilo de Alejandría. A principios del siglo XVII, las invasiones de Lituania y Suecia destruyeron los testimonios escritos sobre el monasterio, pero antes de eso la comunidad prosperaba. A principios del siglo XVIII, un incendio destruyó el desierto de Siandema, y en 1720 se restauró la iglesia de los santos Cirilo y Afanásio.

La región de Siandema es muy pintoresca. La comunidad está situada en un claro rodeado de un denso bosque, con lagos al norte y al sur. En la elevación entre los lagos se encuentra un templo de madera de la Asunción de la Madre de Dios, construido por el igumen Inocencio.

Después del incendio, se encontraron las reliquias incorruptas del venerable Afanásio. Fueron halladas al excavar los cimientos de la nueva iglesia, y el 2 de mayo fueron reenterradas en la antigua tumba. En el templo sobre las reliquias se instaló un relicario, y la memoria del hallazgo de las reliquias se celebra el 2 de mayo, día de su onomástica, y el 18 de enero.

Durante el período de reforma monástica, la comunidad fue cerrada, pero en el siglo XIX fue restaurada. En el monasterio había dos templos: uno de madera de la Asunción de la Madre de Dios y uno de piedra de Afanásio y Cirilo, donde reposaban las reliquias de Afanásio. En 1865, la iglesia fue reconstruida.

Desde 1909, el monasterio se convirtió en femenino, con fines educativos. La comunidad enfrentó dificultades materiales, pero recibió apoyo de miembros de la familia imperial. Durante la época soviética, el monasterio fue cerrado, los bienes nacionalizados y los edificios utilizados para otros fines.

En 1941, el monasterio se encontró en la línea del frente, y sus edificios fueron destruidos. En 2009 comenzó el renacimiento de la comunidad. El arzobispo Manuel celebró un moleben, se construyó un templo de madera, y en 2011 se le otorgó al monasterio el estatus oficial de monasterio femenino.