L'histoire de cette église sur les portes est liée à trois personnalités célèbres. La première d'entre elles est l'impératrice Élisabeth Pétrovna, fille de Pierre le Grand. En septembre 1742, elle visita de manière inattendue le monastère de Zlatoust, qui ne s'était pas encore remis de l'incendie de 1737 et était dans un état lamentable. En passant par les portes sacrées, l'impératrice remarqua que l'église de la Protection au-dessus d'elles était presque en ruines. La visite coïncida avec le jour de la mémoire du prophète Zacharie et de la juste Élisabeth, la patronne céleste de l'impératrice, et elle alloua 2000 roubles pour la construction d'une nouvelle église sur les portes en leur honneur. Le temple, dans le style baroque moscovite, fut rapidement érigé et consacré le 18 décembre 1742 par l'évêque Léon, ancien évêque de Voronej.

L'évêque Léon, dans les années 1730-1740, était un symbole de résistance à la "Bironshchina", pour quoi il fut démis de ses fonctions et passa 10 ans en exil. Avec l'accession au trône d'Élisabeth Pétrovna, il retrouva son statut épiscopal, et elle le prit sous sa protection, ce qui explique pourquoi c'est lui qui consacra le temple fondé par l'impératrice.

La troisième personnalité liée à l'église de Zacharie et Élisabeth est l'architecte I.F. Michourine. Certains historiens le considèrent comme l'auteur du temple, notant la similitude de style avec d'autres de ses œuvres, bien qu'il n'y ait pas de preuves directes à cela. On sait que Michourine connaissait bien le monastère de Zlatoust : en 1756, il décrivait sa vétusté et établissait un devis pour de nouvelles constructions.

En 1933, l'église de Zacharie et Élisabeth fut détruite. Au musée d'architecture A.V. Choussev, des photographies de son apparence extérieure et de son intérieur, prises dans les dernières années de son existence, sont conservées : le chœur, la grille de la galerie, le petit candélabre. Le petit et le grand candélabre, qui éclairaient l'église de la Trinité du monastère de Zlatoust, étaient des trophées de guerre du général-amiral comte F.M. Apraksin, obtenus lors de la guerre du Nord. Ils furent conservés chez lui comme symboles des victoires de la jeune flotte russe, à la création de laquelle Apraksin consacra sa vie. Après sa mort, ses héritiers firent don des lampes au monastère de Zlatoust en sa mémoire. Les candélabres y restèrent 200 ans, et en 1929, ils furent rachetés par l'envoyé finlandais, retournèrent dans leur patrie historique et se trouvent maintenant au musée de la ville de Vaasa en Finlande. Théoriquement, l'église des saints Zacharie et Élisabeth pourrait également être restaurée à Moscou : au musée A.V. Choussev, ses mesures du XIXe siècle ont été conservées, ce qui permet de la recréer dans son état d'origine.