Die Geschichte dieser Pfortenkirche ist mit drei bekannten Persönlichkeiten verbunden. Die erste ist die Kaiserin Elisabeth Petrowna, die Tochter Peter des Großen. Im September 1742 besuchte sie unerwartet das Zlatooustowski Kloster, das sich noch nicht von dem Brand von 1737 erholt hatte und in einem beklagenswerten Zustand war. Als sie durch die heiligen Pforten ging, bemerkte die Kaiserin, dass die Pokrowskaja-Kirche über ihnen fast zerstört war. Der Besuch fiel auf den Gedenktag des Propheten Zacharias und der gerechten Elisabeth, der himmlischen Schutzpatronin der Kaiserin, und sie stellte 2000 Rubel für den Bau einer neuen Pfortenkirche zu ihren Ehren zur Verfügung. Der im Moskauer Barockstil errichtete Tempel wurde schnell gebaut und am 18. Dezember 1742 von dem hochwürdigen Leo, dem ehemaligen Bischof von Woronesch, geweiht.

Bischof Leo war in den 1730er und 1740er Jahren ein Symbol des Widerstands gegen die „Bironshchina“, weshalb er seines Amtes enthoben wurde und 10 Jahre im Exil verbrachte. Mit dem Thronbesteigen Elisabeth Petrownas wurde ihm der Bischofstitel zurückgegeben, und sie nahm ihn unter ihren Schutz, was erklärt, warum gerade er den von der Kaiserin gegründeten Tempel weihte.

Die dritte Persönlichkeit, die mit der Kirche von Zacharias und Elisabeth verbunden ist, ist der Architekt I.F. Michurin. Einige Historiker betrachten ihn als den Autor des Tempels und weisen auf die stilistischen Ähnlichkeiten mit seinen anderen Arbeiten hin, obwohl es dafür keine direkten Beweise gibt. Es ist bekannt, dass Michurin das Zlatooustowski Kloster gut kannte: 1756 beschrieb er dessen Verfall und erstellte einen Kostenvoranschlag für neue Bauten.

Im Jahr 1933 wurde die Kirche von Zacharias und Elisabeth zerstört. Im A.V. Schussev Architektur Museum werden Fotos ihres äußeren Erscheinungsbildes und ihrer inneren Ausstattung aufbewahrt, die in den letzten Jahren ihrer Existenz gemacht wurden: der Ikonostase, dem Gitter der Galerie, dem kleinen Panikadilo. Das kleine und große Panikadilo, das die Dreifaltigkeitskirche des Zlatooustowski Klosters beleuchtete, waren Kriegsbeute des Generaladmirals Grafen F.M. Apraksin, die im Nordischen Krieg erbeutet wurden. Sie wurden bei ihm zu Hause als Symbole des Sieges der jungen russischen Marine aufbewahrt, deren Schaffung Apraksin sein Leben widmete. Nach seinem Tod spendeten die Erben die Leuchten zum Gedenken an ihn an das Zlatooustowski Kloster. Die Panikadila befanden sich dort 200 Jahre, und 1929 wurden sie vom finnischen Gesandten zurückgekauft, kehrten in die historische Heimat zurück und befinden sich jetzt im Museum der Stadt Vaasa in Finnland. Theoretisch könnte auch die Kirche der Heiligen Zacharias und Elisabeth in Moskau wiederhergestellt werden: Im A.V. Schussev Museum sind ihre Vermessungen aus dem 19. Jahrhundert erhalten geblieben, was eine Rekonstruktion in ihrem ursprünglichen Zustand ermöglicht.