La historia de esta iglesia sobre la puerta está relacionada con tres personalidades conocidas. La primera de ellas, la emperatriz Isabel Petrovna, hija de Pedro el Grande. En septiembre de 1742, ella visitó inesperadamente el monasterio de Zlatoúst, que aún no se había recuperado del incendio de 1737 y se encontraba en un estado lamentable. Al pasar por las puertas sagradas, la emperatriz notó que la iglesia de la Intercesión sobre ellas estaba casi en ruinas. La visita coincidió con el día de la memoria del profeta Zacarías y la justa Elisabet, la patrona celestial de la emperatriz, y ella asignó 2000 rublos para la construcción de una nueva iglesia sobre la puerta en su honor. El templo, en estilo barroco moscovita, se construyó rápidamente y fue consagrado el 18 de diciembre de 1742 por el obispo León, quien había sido obispo de Vorónezh.

El obispo León, en las décadas de 1730-1740, fue un símbolo de resistencia a la "Birónovshchina", por lo que fue despojado de su rango y pasó 10 años en exilio. Con la ascensión al trono de Isabel Petrovna, se le devolvió el rango episcopal, y ella lo tomó bajo su protección, lo que explica por qué fue él quien consagró el templo fundado por la emperatriz.

La tercera persona relacionada con la iglesia de Zacarías y Elisabet es el arquitecto I.F. Michurin. Algunos historiadores creen que él es el autor del templo, señalando la similitud de estilo con otras de sus obras, aunque no hay pruebas directas de esto. Se sabe que Michurin conocía bien el monasterio de Zlatoúst: en 1756 describió su deterioro y elaboró un presupuesto para nuevas construcciones.

En 1933, la iglesia de Zacarías y Elisabet fue destruida. En el museo de arquitectura A.V. Shchusev se conservan fotografías de su apariencia exterior e interior, tomadas en los últimos años de su existencia: el iconostasio, la reja de la galería, el pequeño panikadilo. El pequeño y el gran panikadilo, que iluminaban la iglesia de la Trinidad del monasterio de Zlatoúst, eran trofeos de guerra del general almirante conde F.M. Apraksin, obtenidos en la Guerra del Norte. Se guardaron en su casa como símbolos de las victorias de la joven flota rusa, cuya creación Apraksin dedicó su vida. Tras su muerte, los herederos donaron las lámparas al monasterio de Zlatoúst en su memoria. Los panikadilos estuvieron allí durante 200 años, y en 1929 fueron comprados por el enviado finlandés, regresaron a su patria histórica y ahora se encuentran en el museo de la ciudad de Vaasa en Finlandia. Teóricamente, la iglesia de los santos Zacarías y Elisabet también podría ser restaurada en Moscú: en el museo A.V. Shchusev se han conservado sus medidas del siglo XIX, lo que permite recrearla en su forma original.