Dans la seconde moitié du XVIIe siècle, lors de la construction de l'enceinte en pierre du monastère, une entrée majestueuse, connue sous le nom de Portes Saintes, a été créée. Le côté faisant face à la Volga a été complété par deux tours rondes. En 1672, grâce aux marchands yaroslavliens Semyon et Ivan Matveev-Sverchkov, la construction des portes avec l'église a été achevée sous la direction de l'abbé Gordian. En 1684, une annexe sud a été ajoutée grâce aux fonds de N. Ya. Lvov. En 1691, lorsque l'atelier d'artistes décorait la cathédrale de l'Entrée, les murs des portes ont également été peints. Au deuxième étage, au-dessus du passage voûté, se trouvait l'église Nicolas à une seule coupole, comprenant la salle principale, la salle à manger et l'autel.

Au XVIIIe siècle, les fenêtres de l'église et les façades ont été modifiées. En 1815, la toiture en forme de tente a été remplacée par une toiture hexagonale avec un clocher. L'église contenait un iconostase doré à cinq niveaux. Pendant le séjour des archevêques au monastère, l'église était utilisée comme église domestique auprès des cellules archiépiscopales.

Depuis la fin des années 1920, l'église a été utilisée par les nouveaux propriétaires du monastère, et dans les années 1930, elle a été adaptée en logement. Le passage du côté de la Volga a été muré en briques et transformé en garage.

Dans les années 1990, l'église Nicolas a été restaurée en tant qu'église d'été et est redevenue l'église domestique des cellules monastiques. Le musée-réserve de Yaroslavl a transféré des portes royales et des icônes pour elle. L'arc des Portes Saintes a été peint par une équipe de maîtres sous la direction d'A. Surikov, et la restauration des fragments de fresques conservés a été réalisée par des spécialistes de la société LLC YHM "Restaurateur".

Le 16 mai 1997, l'archevêque de Yaroslavl et de Rostov, Mikhail, a consacré l'église Nicolas. Pendant la restauration, l'intérieur de l'église a été peint, et sur le mur de l'autel est apparue une image de la famille du dernier empereur de Russie, Nicolas II, réalisée en l'honneur de sa canonisation.