En la segunda mitad del siglo XVII, durante la construcción de la cerca de piedra del monasterio, se creó la entrada principal, conocida como las Puertas Sagradas. El lado que da al Volga fue complementado con dos torres redondas. En 1672, gracias a los comerciantes de Yaroslavl, Semen e Iván Matveev-Sverchkov, se completó la construcción de las puertas con la iglesia bajo la dirección del igumen Gordiano. En 1684, con los fondos de N. Ya. Lvov, se añadió una extensión al sur. En 1691, cuando un grupo de artistas decoraba la catedral de la Introducción, las paredes de las puertas también fueron pintadas. En el segundo piso, sobre el paso abovedado, se encontraba la iglesia cuadrada de una sola cúpula de Nicolás, que incluía el espacio principal, el refectorio y el altar.

En el siglo XVIII se modificaron las ventanas de la iglesia y las fachadas. En 1815, la cúpula de tienda fue reemplazada por una hexagonal con aguja. En la iglesia había un iconostasio dorado de cinco niveles. Durante la estancia de los arzobispos en el monasterio, la iglesia se utilizaba como residencia en las celdas arzobispales.

Desde finales de la década de 1920, la iglesia fue utilizada por los nuevos propietarios del monasterio, y en la década de 1930 se adaptó para vivienda. El paso desde el lado del Volga fue cerrado con ladrillos y convertido en garaje.

En la década de 1990, la iglesia de Nicolás fue restaurada como iglesia de verano y volvió a ser la iglesia doméstica de las celdas del monasterio. El museo-reserva de Yaroslavl le entregó las puertas reales y los íconos. El arco de las Puertas Sagradas fue pintado por un equipo de maestros bajo la dirección de A. Surikov, y la restauración de los fragmentos de pintura mural conservados fue realizada por especialistas de la LLC YHM "Restaurador".

El 16 de mayo de 1997, el arzobispo de Yaroslavl y Rostov, Mijail, consagró la iglesia de Nicolás. Durante la restauración, el interior de la iglesia fue pintado, y en la pared del altar apareció la imagen de la familia del último emperador de Rusia, Nicolás II, realizada en honor a su canonización.