In der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts wurde beim Bau der steinernen Umzäunung des Klosters der prächtige Eingang, bekannt als die Heiligen Tore, geschaffen. Die zur Wolga gewandte Seite wurde durch zwei runde Türme ergänzt. 1672 wurde der Bau der Tore mit dem Tempel unter der Leitung des Abtes Gordian dank der jaroslawischen Kaufleute Semjon und Iwan Matwejew-Swerchkow abgeschlossen. 1684 wurde mit Mitteln von N. J. Ljwow ein südlicher Anbau hinzugefügt. 1691, als eine Künstlergruppe die Einführungskathedrale schmückte, wurden auch die Wände der Tore bemalt. Im zweiten Stock über dem gewölbten Durchgang befand sich die quadratische einäugige Nikolauskirche, die den Hauptraum, die Speisehalle und den Altar umfasste.

Im 18. Jahrhundert wurden die Fenster des Tempels und die Fassaden verändert. 1815 wurde die Zeltspitze durch eine sechseckige mit einem Turm ersetzt. In der Kirche befand sich ein vergoldeter fünfstöckiger Ikonostase. Während des Aufenthalts der Bischöfe im Kloster wurde der Tempel als Hauskirche bei den bischöflichen Zellen genutzt.

Seit Ende der 1920er Jahre wurde die Kirche von den neuen Besitzern des Klosters genutzt, und in den 1930er Jahren wurde sie als Wohnraum umgebaut. Der Durchgang von der Wolga wurde mit Ziegeln zugemauert und in eine Garage verwandelt.

In den 1990er Jahren wurde die Nikolauskirche als Sommerkirche wiederhergestellt und wurde erneut zur Hauskirche bei den Klosterzellen. Das Jaroslawler Museum-Reservat übergab dafür die Zarenpforten und Ikonen. Der Bogen der Heiligen Tore wurde von einem Team von Meistern unter der Leitung von A. Surikow bemalt, und die Restaurierung der erhaltenen Wandmalereien wurde von Spezialisten der LLC JAHM "Restaurator" durchgeführt.

Am 16. Mai 1997 weihte der Erzbischof von Jaroslawl und Rostow Michai den Nikolaustempel. Während der Restaurierung wurde das Innere des Tempels bemalt, und an der Altarwand erschien ein Bild der Familie des letzten Zaren Russlands, Nikolai II., das zu Ehren ihrer Heiligsprechung geschaffen wurde.