Le monastère a été fondé par saint Galaktion de Vologda au début du XVIIe siècle et s'appelait à l'origine le désert de Galaktion. Jusqu'en 1654, tous ses bâtiments étaient en bois. Cette année-là, grâce aux dons du tsar Alexeï Mikhaïlovitch, une cathédrale en pierre a été construite au nom de la Descente du Saint-Esprit, et le monastère a été renommé Saint-Esprit.

En 1775, par décret du Saint-Synode, le monastère a été rebaptisé Spaso-Kamenny, en l'honneur d'un monastère incendié et supprimé portant le même nom, dont la communauté a été transférée au monastère Saint-Esprit de Vologda.

Vers 1800, le monastère a été entouré d'une clôture en pierre. En 1810-1811, une cloche à trois niveaux a été ajoutée à la cathédrale du Saint-Esprit. En 1867, une église en pierre de l'Annonce de la Sainte Vierge a été construite.

En 1918, le monastère Saint-Esprit a été fermé et transféré au ministère de la Défense. Du 1er mai au 15 août 1918, un garage du 23e détachement automobile blindé y était situé. À l'été 1925, sur le site du cimetière démoli, qui avait été enlevé en hâte en raison de la participation au championnat de football de la RSFSR de 1924, un stade « Dynamo » a été construit. Il était inutile de contester les autorités. Presque simultanément avec la décision de la commission, par décret de l'exécutif provincial de Vologda, l'église de la Descente du Saint-Esprit et la chapelle du monastère ont été fermées. Plus tard, le bâtiment de l'église et des cellules a abrité l'administration régionale du NKVD et du KGB de l'URSS. Le corps des cellules qui a survécu et la cathédrale reconstruite appartiennent au ministère de l'Intérieur.

Après la Perestroïka, un mémorial a été installé près du territoire de l'ancien monastère en mémoire des victimes des répressions politiques.