El monasterio fue fundado por el santo Galaction de Vologda a principios del siglo XVII y originalmente se llamaba desierto de Galaction. Hasta 1654, todos sus edificios eran de madera. En ese año, gracias a las donaciones del zar Alexei Mikhailovich, se construyó una catedral de piedra en honor a la Descensión del Espíritu Santo, y el monasterio pasó a llamarse Svato-Dujov.

En 1775, por orden del Santo Sínodo, el monasterio fue renombrado como Spaso-Kamenni, en honor a un monasterio que había sido destruido y abolido, cuyos hermanos fueron trasladados al monasterio Svato-Dujov de Vologda.

Alrededor de 1800, el monasterio fue rodeado por una cerca de piedra. En 1810-1811, se añadió una torre de campanas de tres niveles a la catedral del Espíritu Santo. En 1867 se construyó una iglesia de piedra en honor a la Señal de la Santísima Virgen.

En 1918, el monasterio Svato-Dujov fue cerrado y entregado al departamento militar. Desde el 1 de mayo hasta el 15 de agosto de 1918, aquí funcionó un garaje del 23º batallón de vehículos blindados. Para el verano de 1925, en el lugar del cementerio demolido, que fue retirado apresuradamente debido a la participación en el campeonato de fútbol de la RSFSR de 1924, se construyó el estadio 'Dynamo'. Discutir con las autoridades era inútil. Casi al mismo tiempo que la decisión de la comisión, por decreto del comité ejecutivo de la provincia de Vologda, se cerraron la iglesia de la Descensión del Espíritu Santo y la capilla del monasterio. Más tarde, en el edificio de la iglesia y las celdas se ubicó la administración regional del NKVD y el KGB de la URSS. El cuerpo de celdas que sobrevivió y la catedral reconstruida pertenecen al Ministerio del Interior.

Después de la Perestroika, se instaló un memorial cerca del territorio del antiguo monasterio en memoria de las víctimas de las represiones políticas.