Das Kloster wurde zu Beginn des 17. Jahrhunderts von dem heiligen Galaktion von Wologda gegründet und hieß ursprünglich Galaktionova Wüste. Bis 1654 waren alle seine Gebäude aus Holz. In diesem Jahr wurde dank der Spenden von Zar Alexei Michailowitsch eine steinerne Kathedrale im Namen der Herabkunft des Heiligen Geistes erbaut, und das Kloster wurde Heilig-Geist-Kloster genannt.

Im Jahr 1775 wurde das Kloster auf Anordnung des Heiligen Synods in Spaso-Kamenny umbenannt, zu Ehren des abgebrannten und aufgelösten Klosters mit demselben Namen, dessen Brüder in das Wologda Heilig-Geist-Kloster verlegt wurden.

Um 1800 wurde das Kloster mit einer steinernen Umzäunung versehen. In den Jahren 1810-1811 wurde an die Kathedrale des Heiligen Geistes ein dreigeschossiger Glockenturm angebaut. Im Jahr 1867 wurde eine steinerne Kirche zur Erscheinung der Heiligen Gottesmutter erbaut.

Im Jahr 1918 wurde das Heilig-Geist-Kloster geschlossen und dem Militär übergeben. Vom 1. Mai bis 15. August 1918 befand sich hier die Garage des 23. Auto-Panzer-Bataillons. Bis zum Sommer 1925 wurde an der Stelle des abgerissenen Friedhofs, der hastig wegen der Teilnahme an der Fußballmeisterschaft der RSFSR 1924 entfernt wurde, das Stadion „Dynamo“ erbaut. Es war nutzlos, sich mit den Behörden zu streiten. Fast zeitgleich mit der Entscheidung der Kommission wurden durch einen Beschluss des Wologda-Gubispolkoms die Kirche der Herabkunft des Heiligen Geistes und die Kapelle im Kloster geschlossen. Später befanden sich im Gebäude der Kirche und der Zellen die regionale Verwaltung des NKWD und KGB der UdSSR. Der erhaltene Zellenbau und die umgebaute Kathedrale gehören dem Innenministerium.

Nach der Perestroika wurde in der Nähe des Geländes des ehemaligen Klosters ein Denkmal zum Gedenken an die Opfer politischer Repressionen errichtet.