L'établissement du musée régional de Surgout est lié au nom de Flegont Yakovlevich Pokazanyev, vétéran de la Grande Guerre patriotique, travailleur de la culture méritant de Russie et citoyen d'honneur de Surgout. Il a rassemblé des centaines d'expositions sur l'histoire de la ville et de la région, qui ont constitué la base de la première exposition du musée, inaugurée le 30 novembre 1963 dans une maison en bois de la fin du XIXe siècle, appartenant au commerçant de Surgout Galaktion Stepanovich Klepikova.

Flegont Yakovlevich a longtemps combiné les fonctions de directeur, conservateur des fonds et guide. Le 3 janvier 1985, le musée est devenu une filiale du musée régional d'histoire locale, ce qui a permis d'élargir le personnel et d'enrichir les collections. Au début des années 1990, le musée a organisé la première expédition ethnographique dans les campements des Khantys, ce qui a marqué le début de l'étude des territoires archéologiques et ethnographiques du district de Surgout et l'augmentation des collections. La formation de collections de livres anciens, d'icônes et d'objets en ivoire sculpté a également commencé.

En 1999, le musée a déménagé dans un nouveau bâtiment sur la rue des 30 ans de la Victoire, où il occupe les deux premiers étages. En 2002, il a été l'un des premiers de la région à équiper ses réserves d'équipements spécialisés pour le stockage de divers objets. En 2005, un Centre culturel et de communication de style hi-tech a ouvert au premier étage, tandis que le deuxième étage est destiné aux expositions temporaires.

Le 11 juin 2005, la première division structurelle du musée, « Demeure marchande » « Maison du marchand G.S. Klepikova », a ouvert ses portes, étant le seul monument d'histoire et de culture de la fin du XIXe siècle à Surgout. Divers projets et événements culturels y sont réalisés. Le 22 juin 2007, le Centre de patrimoine patriotique a été intégré à la structure du musée, où des événements de formation patriotique pour la jeunesse sont organisés, y compris le projet « Soldat de la Patrie ».

Le 13 septembre 2007, le musée a ouvert le complexe mémorial « Maison de F.K. Salmanov », dédié au découvreur du pétrole sibérien. L'atmosphère des années 60 y a été recréée, et le 11 juin 2009, un buste de F. Salmanov a été inauguré. Le musée continue de croître et de se développer avec la ville, restant sa carte de visite.