Die Gründung des Surguter Heimatmuseums ist mit dem Namen von Flegont Jakovlewitsch Pokasanjew verbunden, einem Veteranen des Großen Vaterländischen Krieges, einem verdienten Kulturarbeiter Russlands und einem Ehrenbürger von Surgut. Er sammelte Hunderte von Exponaten zur Geschichte der Stadt und der Region, die die Grundlage für die erste Ausstellung des Museums bildeten, die am 30. November 1963 in einem Holzhaus aus dem späten 19. Jahrhundert eröffnet wurde, das dem Surguter Händler Galaktion Stepanowitsch Klepikow gehörte.

Flegont Jakovlewitsch hatte lange Zeit die Aufgaben des Leiters, des Aufbewahrers der Bestände und des Führers kombiniert. Am 3. Januar 1985 wurde das Museum eine Filiale des regionalen Heimatmuseums, was die Erweiterung des Personals und die Auffüllung der Bestände ermöglichte. Zu Beginn der 1990er Jahre organisierte das Museum die erste ethnographische Expedition zu den Wohnstätten der Chanten, was den Beginn der Erforschung archäologisch-ethnographischer Gebiete im Surguter Bezirk und die Vergrößerung der Sammlungen einleitete. Auch die Bildung von Sammlungen alter Drucke, Ikonen und geschnitztem Elfenbein begann.

Im Jahr 1999 zog das Museum in ein neues Gebäude in der Straße 30 Jahre Sieg, wo es die ersten beiden Etagen einnimmt. Im Jahr 2002 begann es als eines der ersten in der Region, die Lagerräume mit spezieller Ausrüstung zur Aufbewahrung verschiedener Gegenstände auszustatten. Im Jahr 2005 wurde im ersten Stock ein Kultur- und Kommunikationszentrum im Hi-Tech-Stil eröffnet, während die zweite Etage für wechselnde Ausstellungen vorgesehen ist.

Am 11. Juni 2005 wurde die erste strukturelle Einheit des Museums eröffnet, die „Kaufmannsresidenz“ „Haus des Kaufmanns G.S. Klepikow“, das einzige Denkmal für Geschichte und Kultur des späten 19. Jahrhunderts in Surgut. Hier werden verschiedene Projekte und kulturelle Veranstaltungen realisiert. Am 22. Juni 2007 trat das Zentrum für patriotisches Erbe in die Struktur des Museums ein, wo Veranstaltungen zur patriotischen Erziehung der Jugend durchgeführt werden, einschließlich des Projekts „Soldat des Vaterlandes“.

Am 13. September 2007 eröffnete das Museum den Gedenkkomplex „Haus F.K. Salmanow“, das dem Entdecker des sibirischen Öls gewidmet ist. Hier wurde die Atmosphäre der 60er Jahre nachgebildet, und am 11. Juni 2009 wurde eine Büste von F. Salmanow eingeweiht. Das Museum wächst und entwickelt sich weiterhin zusammen mit der Stadt und bleibt deren Visitenkarte.