Selon la légende, l'apôtre André le Premier appelé, en propageant le christianisme, se dirigea vers le Nord, prêchant l'Évangile. Ayant traversé le Dniepr et le Volkhov, il atteignit « les eaux tumultueuses et tourbillonnantes du lac Nevo » et établit une croix de pierre sur « les montagnes de Valaam ». Une des versions de l'origine du monastère dit qu'après 900 ans, deux moines, Serge et Hermann, vinrent « des pays orientaux » et fondèrent une fraternité monastique sur une des îles. Les sources écrites sur la vie et les actions de ces saints sont perdues. Une autre version date la fondation du monastère aux Xe-XIe siècles, se référant à la vie du saint Abraham de Rostov et aux mentions chronologiques du transfert des reliques de Serge et Hermann à Novgorod en 1163.

L'histoire documentaire du monastère de Valaam commence au XIVe siècle. Dans la vie de Savvaty de Solovki, le monastère de Valaam est mentionné, et dans le « Récit sur le monastère de Valaam », l'année de fondation est indiquée comme 1407.

Au début du XVIe siècle, environ 600 moines vivaient sur l'archipel, mais les attaques suédoises ont conduit à la désolation de l'île.

Au XVIIIe siècle, Pierre Ier a commencé la lutte pour un accès à la mer Baltique. En 1702, la forteresse de Noteburg a été capturée, et en 1703, la forteresse de Nienshants. En 1710, l'armée russe a pris Vyborg, et la province de Saint-Pétersbourg a été créée.

En 1713, après la campagne finlandaise, les troupes russes ont occupé Helsingfors et Abo. En 1715, Pierre Ier a émis un décret pour la restauration du monastère de Valaam. En 1719, l'église en bois Spaso-Preobrazhensky a été consacrée et des bâtiments de cellules ont été construits.

En 1721, en signant le traité de paix de Nystad, la Suède a reconnu l'annexion à la Russie de l'Ingrie et d'une partie de la Carélie.

En 1730, l'église de l'Assomption a été érigée, mais un incendie en 1754 a détruit les constructions. L'impératrice Élisabeth Petrovna a tenté de restaurer le monastère, mais en 1765, il n'y avait que 11 moines vivant là.

En 1774, l'église de la Transfiguration du Seigneur a été consacrée. L'igoumène Nazaire, qui a dirigé le monastère en 1781, a commencé la construction en pierre. En 1805, l'église de la porte a été érigée, et au XIXe siècle, une cloche a été fondue en l'honneur de l'apôtre André le Premier appelé.

En 1811, l'archipel de Valaam est entré dans le Grand-Duché de Finlande. En 1819, le monastère a été visité par Alexandre Ier.

Le plus grand essor de la communauté a eu lieu au XIXe siècle. En 1839, le père Damaskin est devenu supérieur, et il a veillé à ce que la construction soit dirigée par des architectes qualifiés. Il a établi un régime strict pour la fraternité. Après sa mort, le supérieur est devenu Ionathan II, qui a construit une nouvelle cathédrale Spaso-Preobrazhensky.

Au début de la Première Guerre mondiale, environ 1000 personnes vivaient sur l'île.

Après la Révolution d'Octobre, Valaam est entré dans le territoire de la Finlande et a subi de la discrimination. Les autorités finlandaises ont exigé que l'archevêque Séraphim Loukianov apprenne la langue finnoise, mais il a été déporté. En 1923, le monastère est passé au nouveau style, ce qui a provoqué des désaccords parmi la fraternité.

En 1930, le monastère comptait 300 membres de la fraternité et 100 travailleurs. Les moines se nourrissaient modestement, mais nourrissaient gratuitement les pauvres pèlerins.

Pendant la guerre soviéto-finlandaise, le monastère s'est retrouvé dans une zone de combat. Les moines ont soutenu les réfugiés de la Carélie orientale et ont fait des dons pour leur aide.

En 1940, l'évacuation de Valaam a commencé. Les moines ont emporté avec eux des objets de valeur, y compris l'icône de Valaam de la Mère de Dieu. En 1945, le métropolite Grigori Tchoukov a visité le Nouveau Valaam et a rattaché le monastère au Patriarcat de Moscou.

En 1989, le monastère a été transféré à l'Éparchie de Leningrad. En 1998, la fraternité s'est opposée à l'œcuménisme. En 2000, le Concile des évêques a adopté « les Principes fondamentaux de la relation avec les hérétiques ».

En 2005, la cloche « André le Premier appelé » a sonné. En 2007, le patriarche Alexis II a visité le monastère, et en 2009, le patriarche Cyrille a ouvert le musée du patriarche Alexis II.

En 2011, le monastère comptait 217 personnes, y compris des skites et des dépendances.