Laut der Legende begab sich der Apostel Andreas der Erstberufene, während er das Christentum verbreitete, in den Norden und predigte das Evangelium. Nachdem er den Dnipro und den Wolchow durchquert hatte, erreichte er die "turbulenten und wirbelnden Gewässer des Nevo-Sees" und errichtete ein Steinkreuz auf den "Bergen von Walaam". Eine der Versionen über die Entstehung des Klosters besagt, dass 900 Jahre später zwei Mönche, Sergius und German, "aus östlichen Ländern" kamen und eine Mönchsbruderschaft auf einer der Inseln gründeten. Schriftliche Quellen über das Leben und die Taten dieser Heiligen sind verloren gegangen. Eine andere Version datiert die Gründung des Klosters ins 10.-11. Jahrhundert und verweist auf das Leben des heiligen Abraham von Rostow sowie auf chronikalische Erwähnungen der Überführung der Reliquien von Sergius und German nach Nowgorod im Jahr 1163.

Die dokumentierte Geschichte des Walaam-Klosters beginnt im 14. Jahrhundert. Im Leben des Savvatij von Solowezk wird das Walaam-Kloster erwähnt, und im "Bericht über das Walaam-Kloster" wird das Gründungsjahr auf 1407 angegeben.

Zu Beginn des 16. Jahrhunderts lebten etwa 600 Mönche auf dem Archipel, aber schwedische Überfälle führten zur Verwüstung der Insel.

Im 18. Jahrhundert begann Peter I. den Kampf um den Zugang zur Ostsee. 1702 wurde die Festung Nöteborg erobert, und 1703 die Festung Nienschantz. 1710 nahm die russische Armee Wyborg ein, und das Gouvernement Sankt Petersburg wurde gegründet.

1713, nach dem finnischen Feldzug, besetzten die russischen Truppen Helsingfors und Åbo. 1715 erließ Peter I. ein Dekret zur Wiederherstellung des Walaam-Klosters. 1719 wurde die hölzerne Spaso-Transfiguration-Kirche geweiht und die Zellengebäude errichtet.

1721 erkannte Schweden mit dem Vertrag von Nystad die Annexion von Ingermanland und Teilen von Karelien durch Russland an.

Bis 1730 wurde die Uspenski-Kirche errichtet, aber ein Feuer im Jahr 1754 zerstörte die Gebäude. Die Kaiserin Elisabeth Petrowna versuchte, das Kloster wiederherzustellen, aber bis 1765 lebten dort nur 11 Mönche.

1774 wurde die Kirche der Verklärung des Herrn geweiht. Der Abt Nazarius, der das Kloster 1781 leitete, begann mit dem Steinbau. 1805 wurde die Tor-Kirche errichtet, und im 19. Jahrhundert wurde eine Glocke zu Ehren des Apostels Andreas des Erstberufenen gegossen.

1811 trat der Walaam-Archipel zum Großherzogtum Finnland über. 1819 besuchte Alexander I. das Kloster.

Der größte Aufschwung des Klosters fiel ins 19. Jahrhundert. 1839 wurde der Vater Damaskin zum Abt, der dafür sorgte, dass der Bau unter der Leitung qualifizierter Architekten durchgeführt wurde. Er führte eine strenge Ordnung für die Bruderschaft ein. Nach seinem Tod wurde Jonafan II. Abt, der die neue Spaso-Transfiguration-Kathedrale baute.

Zu Beginn des Ersten Weltkriegs lebten etwa 1000 Menschen auf der Insel.

Nach der Oktoberrevolution wurde Walaam Teil Finnlands und erlebte Diskriminierung. Die finnischen Behörden verlangten von Erzbischof Serafim Lukjanow, die finnische Sprache zu lernen, aber er wurde deportiert. 1923 trat das Kloster auf den neuen Stil über, was zu Meinungsverschiedenheiten unter der Bruderschaft führte.

1930 zählte das Kloster 300 Brüder und 100 Arbeiter. Die Mönche lebten bescheiden, aber speisten arme Pilger kostenlos.

Während des sowjetisch-finnischen Krieges befand sich das Kloster in einem Kampfgebiet. Die Mönche unterstützten Flüchtlinge aus Ostkarelien und spendeten Mittel zu deren Unterstützung.

1940 begann die Evakuierung von Walaam. Die Mönche nahmen Werte mit, darunter das Walaam-Bildnis der Gottesmutter. 1945 besuchte Metropolit Grigori Tschukow Neuwalaam und schloss das Kloster dem Moskauer Patriarchat an.

1989 wurde das Kloster der Erzdiozese Leningrad übergeben. 1998 trat die Bruderschaft gegen den Ökumenismus auf. 2000 nahm die Bischofssynode die "Grundprinzipien des Verhältnisses zu anderen Konfessionen" an.

2005 läutete die Glocke "Andreas der Erstberufene". 2007 besuchte Patriarch Alexius II. das Kloster, und 2009 eröffnete Patriarch Kyrill ein Museum zu Ehren von Patriarch Alexius II.

Im Jahr 2011 zählte das Kloster 217 Personen, einschließlich der Einsiedeleien und Außenstellen.