Según la tradición, el apóstol Andrés el Primero Llamado, al difundir el cristianismo, se dirigió al Norte, predicando el Evangelio. Tras pasar por el Dnipro y el Voljov, llegó a las "aguas turbulentas y giratorias del lago Nevo" y estableció una cruz de piedra en las "montañas de Valaam". Una de las versiones sobre el origen del monasterio dice que, 900 años después, dos monjes, Sergio y Germán, llegaron "de tierras orientales" y fundaron una hermandad monástica en una de las islas. Las fuentes escritas sobre la vida y las acciones de estos santos se han perdido. Otra versión sitúa la fundación del monasterio en los siglos X-XI, refiriéndose a la vida del venerable Abraham de Rostov y menciones en crónicas sobre el traslado de las reliquias de Sergio y Germán a Novgorod en 1163.

La historia documental del monasterio de Valaam comienza en el siglo XIV. En la vida de Savvatio de Solovetsky se menciona el monasterio de Valaam, y en el "Relato sobre el monasterio de Valaam" se indica el año de fundación como 1407.

A principios del siglo XVI, alrededor de 600 monjes habitaban el archipiélago, pero los ataques suecos llevaron a la desolación de la isla.

En el siglo XVIII, Pedro I comenzó la lucha por el acceso al mar Báltico. En 1702 fue capturada la fortaleza de Noteburg, y en 1703, la fortaleza de Nienshants. En 1710, el ejército ruso tomó Vyborg, y se creó la gobernación de San Petersburgo.

En 1713, tras la campaña finlandesa, las tropas rusas ocuparon Helsingfors y Abo. En 1715, Pedro I emitió un decreto para la restauración de la comunidad de Valaam. En 1719 se consagró la iglesia de madera de Spaso-Preobrazhensky y se construyeron los cuerpos de celdas.

En 1721, al firmar el tratado de paz de Nystad, Suecia reconoció la anexión a Rusia de Ingria y parte de Carelia.

Para 1730 se había construido la iglesia de la Asunción, pero un incendio en 1754 destruyó los edificios. La emperatriz Isabel Petrovna intentó restaurar el monasterio, pero para 1765 solo vivían allí 11 monjes.

En 1774 se consagró la iglesia de la Transfiguración del Señor. El igumen Nazario, quien dirigió el monasterio en 1781, comenzó la construcción en piedra. En 1805 se erigió la iglesia de la puerta, y en el siglo XIX se fundió una campana en honor al apóstol Andrés el Primero Llamado.

En 1811, el archipiélago de Valaam pasó a formar parte del Gran Ducado de Finlandia. En 1819, el monasterio fue visitado por Alejandro I.

El mayor auge de la comunidad ocurrió en el siglo XIX. En 1839, el padre Damasquino se convirtió en el abad, quien logró que la construcción se llevara a cabo bajo la dirección de arquitectos calificados. Estableció un régimen estricto para la hermandad. Tras su muerte, el abad fue Jonatán II, quien construyó la nueva catedral de Spaso-Preobrazhensky.

A principios de la Primera Guerra Mundial, alrededor de 1000 personas vivían en la isla.

Después de la Revolución de Octubre, Valaam pasó a formar parte de Finlandia y sufrió discriminación. Las autoridades finlandesas exigieron al arzobispo Serafim Lukyanov que aprendiera el idioma finlandés, pero fue deportado. En 1923, el monasterio adoptó el nuevo estilo, lo que causó desacuerdos entre la hermandad.

En 1930, el monasterio albergaba a 300 miembros de la hermandad y 100 trabajadores. Los monjes se alimentaban escasamente, pero alimentaban gratuitamente a los pobres peregrinos.

Durante la Guerra Soviético-Finesa, el monasterio se encontró en una zona de combate. Los monjes apoyaron a los refugiados de Carelia Oriental y donaron fondos para su apoyo.

En 1940 comenzó la evacuación de Valaam. Los monjes llevaron consigo valores, incluida la icono de Valaam de la Madre de Dios. En 1945, el metropolitano Grigori Chukov visitó el Nuevo Valaam y unió el monasterio al Patriarcado de Moscú.

En 1989, el monasterio fue transferido a la diócesis de Leningrado. En 1998, la hermandad se opuso al ecumenismo. En 2000, el Sínodo Arzobispal adoptó los "Principios básicos de relación con los heterodoxos".

En 2005 sonó la campana "Andrés el Primero Llamado". En 2007, el monasterio fue visitado por el patriarca Alexis II, y en 2009, el patriarca Cirilo inauguró un museo en honor al patriarca Alexis II.

A partir de 2011, el monasterio contaba con 217 personas, incluidos los skits y las propiedades.