Le monastère a été fondé en 1689 dans la seconde moitié du XVIIe siècle sur la rive gauche de la rivière Soura, près de la forteresse. C'est le plus ancien monastère de la ville. En 1880, l'architecte pénzéen Mikhaïl Andreïevitch Roudkevitch l'a reconstruit, construisant un temple en pierre à deux étages de la Transfiguration du Seigneur, connu sous le nom de temple Spaso-Préobrajenski.

Après la réforme de la sécularisation de Catherine, le monastère est resté sans soutien gouvernemental. En 1765, des moines de l'abbaye de Moksha Kazan, supprimée, ont été transférés ici sous la direction de l'hiéromoine Pitirim, et en 1798, des frères de l'abbaye de Ferapontov, également supprimée, dans l'éparchie de Novgorod. En 1794, à la demande des habitants, le monastère a été déplacé en dehors des limites de la ville de l'époque, à l'endroit où se trouvaient le cimetière et l'église en pierre de l'Ascension du Seigneur.

Au printemps 1922, le pouvoir soviétique a saisi deux fois les biens de l'église au monastère Spaso-Préobrajenski, en mars et en avril. En 1925, le nécropole monastique a cessé ses activités et a rapidement été liquidée, et les tombes en fonte ont été refondues. Les dernières inhumations au cimetière ont été détruites au début des années 1960.

Le 21 septembre 2013, dans la chapelle construite à l'emplacement du cimetière monastique en 2003, les restes de la célèbre mécène russe Maria Kiseleva et de son mari, découverts sur le site de l'ancienne église de la Trinité, ont été réinhumés.