El monasterio fue fundado en 1689 en la segunda mitad del siglo XVII en la orilla izquierda del río Sura, cerca de la fortaleza. Es el monasterio más antiguo de la ciudad. En 1880, el arquitecto penzense Mikhail Andreevich Rudkevich lo reconstruyó, construyendo un templo de piedra de dos pisos de la Transfiguración del Señor, conocido como el templo Spaso-Preobrazhensky.

Después de la reforma de secularización de Catalina, el monasterio quedó sin apoyo estatal. En 1765, se trasladaron aquí monjes del abolido monasterio Mokshansky de Kazán, encabezados por el hieromonje Pitirim, y en 1798, hermanos del abolido monasterio Ferapontov en la diócesis de Novgorod. En 1794, a petición de los ciudadanos, la comunidad fue trasladada fuera de los límites de la ciudad de entonces, al lugar donde se encontraban el cementerio y la iglesia de piedra de la Asunción del Señor.

En la primavera de 1922, el poder soviético confiscó dos veces la propiedad de la iglesia en el monasterio Spaso-Preobrazhensky, en marzo y abril. En 1925, el necrópolis del monasterio cesó su actividad y pronto fue liquidado, y las lápidas de hierro fundido fueron fundidas. Los últimos entierros en el cementerio fueron destruidos a principios de la década de 1960.

El 21 de septiembre de 2013, en la capilla construida en el lugar del cementerio del monasterio en 2003, fueron reenterrados los restos de la conocida mecenas rusa Maria Kiseleva y su esposo, encontrados en el lugar de la destruida iglesia de la Trinidad.