Das Kloster wurde 1689 im zweiten Halbjahr des 17. Jahrhunderts am linken Ufer des Flusses Sura, in der Nähe der Festung, gegründet. Es ist das älteste Kloster der Stadt. 1880 rekonstruierte der penzener Architekt Michail Andrejewitsch Rudkewitsch es und baute die zweigeschossige Steinkirche der Verklärung des Herrn, bekannt als Spaso-Transfiguration Kirche.

Nach der säkularen Reform von Katharina blieb das Kloster ohne staatliche Unterstützung. 1765 wurden hier Mönche aus dem aufgelösten Mokschansker Kasaner Kloster unter der Leitung des Hieromönchs Pitirim verlegt, und 1798 Brüder aus dem aufgelösten Ferapontow Kloster in der Erzdiözese Nowgorod. 1794 wurde das Kloster auf Wunsch der Bürger außerhalb der damaligen Stadtgrenzen an den Ort verlegt, wo sich der Friedhof und die steinerne Kirche der Himmelfahrt des Herrn befanden.

Im Frühjahr 1922 beschlagnahmte die sowjetische Macht zweimal kirchliches Eigentum im Spaso-Transfiguration Kloster, im März und April. 1925 stellte der Klosternecropol seine Tätigkeit ein und wurde bald darauf liquidiert, während die gusseisernen Grabsteine eingeschmolzen wurden. Die letzten Beisetzungen auf dem Friedhof wurden zu Beginn der 1960er Jahre zerstört.

Am 21. September 2013 wurden in der Kapelle, die 2003 an der Stelle des Klosterfriedhofs erbaut wurde, die Überreste der bekannten russischen Mäzenin Maria Kiselewa und ihres Ehemannes, die an der Stelle der zerstörten Dreifaltigkeitskirche gefunden wurden, umgebettet.