Selon la légende locale, consignée dans plusieurs copies du monument du XVIe siècle « Récit sur l'établissement du christianisme à Mourom », la fondation du monastère est liée au prince mouromien Gleb Vladimirovitch, au plus tard en 1015.

Ayant reçu la gestion de Mourom, le saint prince ne put vivre dans la ville même à cause des païens et fonda une cour princière en amont de l'Oka, sur une rive boisée escarpée. L'apparition du monastère à la charnière des Xe et XIe siècles est solidement ancrée dans l'historiographie russe, bien qu'il existe d'autres opinions sur la date de sa fondation. Le monastère est mentionné dans les chroniques avant tous les autres monastères sur le territoire de la Russie et figure dans les « Chroniques des temps passés » sous l'année 1096 en lien avec la « campagne mouromienne » du prince tchernigovien Oleg Sviatoslavitch et la mort sous les murs de Mourom du prince Iziaslav Vladimirovitch.

En l'an 6604... Iziaslav rassembla une armée devant la ville sur le champ. Oleg marcha contre lui avec son armée, et une bataille féroce commença. Iziaslav, fils de Vladimir, petit-fils de Vsevolod, fut tué le 6 septembre... Oleg entra dans la ville, et les habitants l'accueillirent. Iziaslav fut enterré dans le monastère du Saint Sauveur.

À l'époque de la mort du prince mouromien Youri Vladimirovitch, le 19 janvier 1175, se rapporte la deuxième mention du monastère Spassky comme lieu de son enterrement : « le prince mouromien Youri s'est éteint le 19 janvier et a été enterré près du Saint Sauveur à Mourom ». Selon la liste d'Ipaty, l'église où le prince fut enterré fut construite à son initiative : « la même année, le prince mouromien Youri s'est éteint le 19 janvier et a été enterré près de l'église du Christ à Mourom, qu'il avait lui-même fondée ».

À la fin du XVe siècle, le monastère Spassky est mentionné dans les chroniques en lien avec le décès du boyard novgorodien Fiodor Boretsky, qui avait pris le monachisme au monastère Spassky, la seule communauté masculine à Mourom à cette époque : « Ce printemps-là, à Mourom, Fiodor, fils de Marfa, s'est éteint et a été tonsuré le 9 mai ».

Au milieu du XVIe siècle, après la campagne réussie d'Ivan IV le Terrible contre Kazan, plusieurs églises en pierre furent érigées à Mourom sur ordre du tsar, y compris la cathédrale principale du monastère Spaso-Préobrazhensky.

Malgré de nombreuses reconstructions, la cathédrale a conservé son apparence d'origine. On y ressent la tradition des cathédrales à cinq dômes, héritées de la cathédrale de l'Assomption du Kremlin de Moscou. L'ornementation modeste, les proportions strictes et la monolithisme du bâtiment lui confèrent un aspect de dure simplicité, correspondant à celui d'un temple monastique solennel.

Le nom du tsar Ivan le Terrible est également associé au début de la prospérité économique du monastère Spassky. Le tsar dota la communauté de vastes domaines et y établit un « monastère communautaire ». Dans les inventaires de Mourom de 1624 et 1636, 1637, le monastère est mentionné comme « bâtiment de l'État », ce qui confirme l'implication active de la famille royale dans la vie de la communauté. En 1616, Mourom fut attaqué par un détachement lituanien commandé par le noble Alexandre Lisovsky, au cours de laquelle le monastère Spassky fut également touché. Pendant les réformes ecclésiastiques du patriarche Nikon, Mourom résista longtemps aux innovations, et le monastère Spassky devint un bastion du vieux croyant. Le supérieur archimandrite Antoine écrivit plusieurs appels concernant la composition des doigts et envoya une pétition au tsar Alexeï Mikhaïlovitch, signalant les erreurs dans la correction des livres sous le patriarche Nikon. En 1662, l'archimandrite Antoine fut démis de ses fonctions à la tête du monastère, et en février 1666, il fut convoqué à un concile à Moscou. Malgré ses excuses, il fut exilé au monastère de Kirillo-Belozersky. Dans les années 1680, le monastère reçut d'importantes donations de la part du métropolite de Saransk et de Podon Varsonofe Tchertkov, issu de la dynastie des marchands mouromiens. Grâce à ses fonds, un bâtiment de deux étages pour le supérieur fut construit et la reconstruction de l'église de la Sainte Protection fut entamée. Dans les années 1720, le monastère fut rattaché à la maison archiépiscopale de Riazan, et sur son territoire, la première école de la ville pour l'éducation des enfants de prêtres fut ouverte.

Le 26 janvier 1765, un décret de l'évêque de Vladimir et de Mourom Pavel Grebnevsky fut envoyé à l'administration spirituelle de Mourom pour abolir le monastère de Borisogleb et transférer la fraternité au monastère Spaso-Préobrazhensky. Le vénérable Séraphim de Sarov visita ici le vieil Antoine Grochevnik. De 1866 à 1868, le monastère fut dirigé par l'archimandrite Gabriel Voskresensky, professeur à l'Université de Kazan et premier historien russe de la philosophie. En 1877, l'archimandrite Antoine Ilienov devint supérieur, trouvant le monastère dans un état déplorable. Après un voyage en 1878 au Mont Athos, une copie de l'icône de la Mère de Dieu « Soudain Écouteuse » fut amenée au monastère. Dans les années 1880, le monastère fut restauré et devint un lieu de pèlerinage.

En 1891, un bâtiment en pierre de trois étages pour la fraternité fut construit sur le territoire du monastère, où résidaient les évêques vicariaux de Mourom. En 1907, une église domestique fut consacrée dans le bâtiment des cellules en l'honneur des saints martyrs de Chersonèse. Après la révolution de 1917, le monastère fut fermé, accusant le supérieur, l'évêque de Mourom Mitrophane Zagorsky, de complicité dans l'insurrection. En 1918-1919, la cathédrale de la Transfiguration continua d'agir comme église paroissiale. Dans les années 1920, le monastère fut occupé par des militaires et le NKVD, et le nécropole commença à être détruite. En avril 1990, le public de Mourom demanda la restitution du monastère à l'Église orthodoxe russe. En 1995, l'unité militaire quitta le monastère, et son renouveau commença. En 2000 et 2009, le monastère fut complètement restauré avec le soutien de la Chambre des comptes de la Fédération de Russie. Le 22 juin 2005, une chapelle en l'honneur de Saint Georges le Victorieux fut consacrée sur le territoire du monastère.