Laut einer lokalen Legende, die in mehreren Listen des Denkmals aus dem 16. Jahrhundert "Die Erzählung über die Einführung des Christentums in Murom" aufgezeichnet ist, ist die Gründung des Klosters mit dem muromischen Fürsten Gleb Wladimirowitsch verbunden, nicht später als 1015.

Nachdem der heilige Fürst Murom in seine Verwaltung erhalten hatte, konnte er aufgrund der Heiden nicht in der Stadt leben und gründete einen Fürstenhof weiter oben am Ufer der Oka, an einem steilen, bewaldeten Hang. Das Auftreten des Klosters an der Wende vom 10. zum 11. Jahrhundert hat sich fest in der russischen Historiographie verankert, obwohl es auch andere Meinungen über die Zeit seiner Gründung gibt. Das Kloster wird in den Chroniken früher als alle anderen Klöster auf dem Territorium Russlands erwähnt und erscheint in der "Erzählung vergangener Jahre" unter dem Jahr 1096 im Zusammenhang mit dem "Muromer Feldzug" des tscherkassischen Fürsten Oleg Svyatoslavich und dem Tod des Fürsten Izyaslav Wladimirowitsch vor den Mauern von Murom.

Im Jahr 6604... sammelte Izyaslav eine Armee vor der Stadt auf dem Feld. Oleg ging mit seinem Heer gegen ihn und eine grausame Schlacht begann. Izyaslav, der Sohn von Wladimir, der Enkel von Wsewold, wurde am 6. September getötet... Oleg trat in die Stadt ein und die Bürger nahmen ihn auf. Izyaslav wurde im Kloster des heiligen Erlösers beigesetzt.

Zur Zeit des Todes des muromischen Fürsten Jurij Wladimirowitsch, am 19. Januar 1175, bezieht sich die zweite Erwähnung des Spasski-Klosters als Ort seiner Beisetzung: "Der Fürst von Murom, Jurij, starb am 19. Januar und wurde bei dem heiligen Erlöser in Murom beigesetzt." Laut der Ipatiev-Liste wurde die Kirche, in der der Fürst beigesetzt wurde, auf seine Initiative erbaut: "Im selben Jahr starb der Fürst von Murom, Jurij, am 19. Januar und wurde bei der Christlichen Kirche in Murom beigesetzt, die er selbst errichtet hatte."

Am Ende des 15. Jahrhunderts wird das Spasski-Kloster in der Chronik im Zusammenhang mit dem Tod des Nowgoroder Boyaren Fjodor Boretski erwähnt, der vor seinem Tod im Spasski-Kloster die Mönchweihe annahm, dem einzigen Männerkloster in Murom zu dieser Zeit: "Im selben Frühjahr starb in der Stadt Murom Marfin Sohn Fjodor und nahm am 9. Mai die Mönchweihe an."

In der Mitte des 16. Jahrhunderts wurden nach dem erfolgreichen Feldzug von Iwan IV. dem Schrecklichen gegen Kasan in Murom auf Befehl des Zaren mehrere steinerne Tempel errichtet, darunter die Hauptkathedrale des Spaso-Transfiguration-Klosters.

Trotz zahlreicher Umbauten hat die Kathedrale ihr ursprüngliches Aussehen bewahrt. Man spürt die Tradition der fünfkuppligen Kathedralen, die vom Uspenski-Kathedrale im Moskauer Kreml ausgeht. Die bescheidene Ornamentik, strengen Proportionen und Monolithizität des Gebäudes verleihen ihm das Aussehen strenger Einfachheit, das dem feierlichen Klosterhaus entspricht.

Mit dem Namen des Zaren Iwan dem Schrecklichen ist auch der Beginn des wirtschaftlichen Aufschwungs des Spasski-Klosters verbunden. Der Zar stattete die Abtei mit umfangreichen Landgütern aus und etablierte dort eine "Gemeinschaft". In den Verzeichnissen von Murom aus den Jahren 1624 und 1636, 1637 wird das Kloster als "Staatsgebäude" aufgeführt, was die aktive Teilnahme der Zarenfamilie am Leben der Abtei bestätigt. Im Jahr 1616 wurde Murom von einem litauischen Trupp unter dem Kommando von Pan Alexander Lisowski angegriffen, während dessen das Spasski-Kloster ebenfalls Schaden nahm. Während der Kirchenreformen von Patriarch Nikon leistete Murom lange Zeit Widerstand gegen die Neuerungen, und das Spasski-Kloster wurde zur Bastion des alten Glaubens. Der Abt Archimandrit Antonij verfasste mehrere Aufrufe zur Fingerlegung und sandte eine Petition an Zar Alexei Michailowitsch mit Hinweisen auf die Fehler bei der Korrektur der Bücher unter Patriarch Nikon. Im Jahr 1662 wurde Archimandrit Antonij von der Leitung des Klosters abgesetzt, und im Februar 1666 wurde er zu einem Konzil nach Moskau einberufen. Trotz seiner Reue wurde er ins Kirillo-Belozerski-Kloster verbannt. In den 1680er Jahren erhielt das Kloster große Spenden von Metropolit Barsanofij Tschertkow von Saransk und Podon, der aus der Dynastie der muromischen Kaufleute stammte. Mit seinen Mitteln wurden im Kloster ein zweigeschossiges Abtsgebäude errichtet und mit der Rekonstruktion der Pokrowski-Speisehalle begonnen. In den 1720er Jahren wurde das Kloster dem rjasanischen Erzbischofshaus zugeordnet, und auf seinem Gelände wurde die erste Schule in der Stadt zur Ausbildung von Priesterkindern eröffnet.

Am 26. Januar 1765 wurde an die Muromer Geistliche Verwaltung ein Erlass des Bischofs von Wladimir und Murom, Pawel Grebnew, über die Aufhebung des Borisoglebsk-Klosters und die Überführung der Bruderschaft in die Spaso-Transfiguration-Abtei gesendet. Der heilige Seraphim von Sarow besuchte hier den Alten Antonij Groshewik. Von 1866 bis 1868 wurde das Kloster von Archimandrit Gabriel Woskresenski, Professor der Universität Kasan und dem ersten russischen Historiker der Philosophie, geleitet. Im Jahr 1877 wurde Archimandrit Antonij Iljenow zum Abt, der das Kloster in einem bedrückenden Zustand vorfand. Nach einer Reise nach Athos im Jahr 1878 wurde eine Kopie des Ikone der Gottesmutter "Schnelle Hilfe" in die Abtei gebracht. In den 1880er Jahren wurde das Kloster restauriert und wurde zu einem Wallfahrtsort.

Im Jahr 1891 wurde auf dem Gelände des Klosters ein dreigeschossiges Steingebäude für die Bruderschaft errichtet, in dem die muromischen Vikare untergebracht waren. Im Jahr 1907 wurde im Zellengebäude eine Hauskirche zu Ehren der heiligen Märtyrer von Cherson geweiht. Nach der Revolution von 1917 wurde das Kloster geschlossen, und der Abt, Bischof Mitrophan von Murom, wurde der Mitwisserschaft an dem Aufstand beschuldigt. In den Jahren 1918-1919 blieb die Transfiguration-Kathedrale als Pfarrkirche aktiv. In den 1920er Jahren wurde das Kloster von Militärs und dem NKWD besetzt, und die Zerstörung des Nekropol begann. Im April 1990 wandte sich die Öffentlichkeit von Murom mit der Bitte um Übertragung des Klosters an die Russisch-Orthodoxe Kirche. Im Jahr 1995 verließ die Militärabteilung das Kloster, und seine Wiederbelebung begann. In den Jahren 2000 und 2009 wurde das Kloster mit Unterstützung der Rechnungskammer der RF umfassend restauriert. Am 22. Juni 2005 wurde auf dem Gelände des Klosters die Kapelle des heiligen großen Märtyrers Georg von Sieges geweiht.