À l'automne 1569, une armée unie de Turcs et de Tatars de Crimée assiégea Astrakhan. La supériorité de l'ennemi sur le peu nombreux garnison astrakhanoise était si significative que les défenseurs ne pouvaient compter que sur l'aide de Dieu. Et un miracle se produisit : l'armée turque quitta soudainement le camp et se retira en hâte. En l'honneur de cette victoire, le tsar Ivan le Terrible ordonna de construire à Astrakhan un monastère en l'honneur de la Transfiguration du Seigneur. Cependant, la construction fut retardée pour diverses raisons, jusqu'à ce qu'un nouvel higoumène du monastère de la Trinité, Théodose, prenne les choses en main. Il choisit l'emplacement du monastère Spaso-Préobrazhensky, et en 1597, la construction d'une église en bois commença. La nouvelle église fut consacrée en 1604. Le monastère fut construit dans la partie nord de la ville blanche et s'appelait à l'origine « Spassky, qui est dans l'ostrog ».

Avec le temps, le monastère s'est agrandi et développé, devenant assez important. Dans la seconde moitié du XVIIe siècle, il était stavropigial, mais au début du XVIIIe siècle, il était de nouveau soumis aux évêques d'Astrakhan.

La prospérité du monastère a été gravement affectée par la tourmente qui a commencé dans le pays. D'abord, le trésor monastique fut pillé, puis le monastère lui-même fut détruit, seules l'église et une partie des cellules survécurent.

En 1709, un incendie violent a presque complètement détruit Astrakhan, et le monastère Spaso-Préobrazhensky a également souffert. Sa restauration est liée à l'archimandrite Méthode Petrov, qui a pris la tête de l'établissement en 1731. Il a immédiatement commencé à construire une nouvelle clôture en pierre avec quatre tours aux coins.

Dans la première moitié du XIXe siècle, une réparation malheureuse a mis le monastère dans un état d'urgence. Aucun fonds n'a été trouvé pour une réparation capitale, et en 1873, le monastère a été supprimé.

Les principales constructions du monastère ont été transférées au séminaire spirituel d'Astrakhan, une partie a été réaménagée en maisons de retraite.

Après 1918, les bâtiments du séminaire ont été nationalisés, et des cours de commandement d'infanterie y ont été installés. Depuis le début des années 1920, un orphelinat n°1 était situé sur le territoire de l'ancien monastère. En 1930, les constructions monastiques ont été démolies. Jusqu'à nos jours, seule la tour nord-est de la clôture monastique a survécu, c'est tout ce qui reste de l'ancienne abbaye glorieuse.