Im Herbst 1569 belagerte eine vereinte Armee von Türken und Krimtataren Astrachan. Die Überlegenheit des Gegners über die zahlenmäßig schwache Garnison von Astrachan war so erheblich, dass die Verteidiger nur auf Gottes Hilfe hoffen konnten. Und ein Wunder geschah: Die türkische Armee verließ unerwartet ihr Lager und zog hastig ab. Zu Ehren dieses Sieges befahl Zar Ivan der Schreckliche den Bau eines Klosters in Astrachan zu Ehren der Verklärung des Herrn. Doch der Bau wurde aus verschiedenen Gründen verschoben, bis sich der neue Abt des Dreifaltigkeitsklosters, Feodosiy, der Sache annahm. Er wählte den Standort für das Spaso-Transfiguration Kloster, und 1597 begann der Bau der hölzernen Kirche. Die neue Kirche wurde 1604 geweiht. Das Kloster wurde im nördlichen Teil der Weißen Stadt erbaut und hieß ursprünglich „Spasski, das im Ostrach“.

Im Laufe der Zeit erweiterte und entwickelte sich das Kloster und wurde ziemlich groß. In der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts war es ein stavropigiales Kloster, unterstand jedoch zu Beginn des 18. Jahrhunderts wieder den Astrachaner Bischöfen.

Der Wohlstand des Klosters litt erheblich unter der beginnenden Unruhen im Land. Zuerst wurde die Klosterkasse geplündert, dann wurde das Kloster selbst zerstört, nur die Kirche und ein Teil der Zellen blieben erhalten.

Im Jahr 1709 wurde Astrachan fast vollständig von einem starken Feuer zerstört, auch das Spaso-Transfiguration Kloster wurde beschädigt. Seine Wiederherstellung ist mit dem Archimandriten Mephodiy Petrov verbunden, der 1731 die Abtei leitete. Er begann sofort mit dem Bau einer neuen steinernen Umfriedung mit vier Türmen an den Ecken.

In der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts führte eine missratene Renovierung das Kloster in einen maroden Zustand. Es fanden sich keine Mittel für eine umfassende Renovierung, und 1873 wurde das Kloster aufgelöst.

Die Hauptgebäude des Klosters gingen an das Astrachaner Geistliche Seminar, ein Teil wurde in Altenheime umgebaut.

Nach 1918 wurden die Gebäude des Seminars nationalisiert, und dort wurden Kommandopionierkurse untergebracht. Ab den frühen 1920er Jahren befand sich auf dem Gelände des ehemaligen Klosters das Kinderheim Nr. 1. Im Jahr 1930 wurden die Klostergebäude abgerissen. Bis heute ist nur der nordöstliche Turm der Klosterumfriedung erhalten geblieben, das ist alles, was von der einst ruhmreichen Abtei übrig geblieben ist.