En otoño de 1569, un ejército combinado de turcos y tártaros de Crimea sitió Astracán. La superioridad del enemigo sobre el escaso guarnición astracanense era tan significativa que los defensores solo podían confiar en la ayuda de Dios. Y ocurrió un milagro: el ejército turco abandonó inesperadamente el campamento y se retiró apresuradamente. En honor a esta victoria, el zar Iván el Terrible ordenó construir en Astracán un monasterio en honor de la Transfiguración del Señor. Sin embargo, la construcción se retrasó por diversas razones, hasta que el nuevo abad del monasterio de la Trinidad, Feodosio, se hizo cargo del asunto. Él eligió el lugar para el monasterio de Spaso-Preobrazhensky, y en 1597 comenzó la construcción de la iglesia de madera. La nueva iglesia fue consagrada en 1604. El monasterio fue construido en la parte norte de la Ciudad Blanca y originalmente se llamaba 'Spassky, que está en el ostryag'.

Con el tiempo, el monasterio se expandió y desarrolló, convirtiéndose en bastante grande. En la segunda mitad del siglo XVII, fue estauropigial, pero a principios del siglo XVIII volvió a estar bajo la autoridad de los obispos de Astracán.

La prosperidad del monasterio sufrió seriamente debido a la confusión que comenzó en el país. Primero se saqueó el tesoro del monasterio, luego se destruyó el propio monasterio, quedando solo la iglesia y parte de las celdas.

En 1709, un fuerte incendio casi destruyó completamente Astracán, y el monasterio de Spaso-Preobrazhensky también sufrió. Su restauración está relacionada con el archimandrita Mefodiy Petrov, quien asumió el liderazgo de la comunidad en 1731. Inmediatamente comenzó a construir un nuevo muro de piedra con cuatro torres en las esquinas.

En la primera mitad del siglo XIX, una reparación fallida llevó al monasterio a un estado de emergencia. No se encontraron fondos para una reparación capital, y en 1873 se disolvió el monasterio.

Los principales edificios del monasterio pasaron a la Seminario Teológico de Astracán, parte de ellos se convirtieron en hogares para ancianos.

Después de 1918, los edificios del seminario fueron nacionalizados y se alojaron cursos de infantería. Desde principios de la década de 1920, en el territorio del antiguo monasterio funcionó el hogar infantil n.º 1. En 1930, se demolieron los edificios del monasterio. Hasta nuestros días, solo ha sobrevivido la torre noreste del muro del monasterio, que es todo lo que queda de la otrora gloriosa comunidad.