La date exacte de la fondation du monastère est inconnue, mais on considère qu'il a été fondé au milieu du XIIe siècle par saint Niphon, évêque de Novgorod, qui était peut-être d'origine grecque. Le monastère, situé près de la bordure de Pskov, était l'un des centres culturels de la ville. Ici se tenait la chronique de Pskov, il y avait une bibliothèque, un atelier de copistes et un atelier d'icônes. Le monastère était riche, occupant toute la plaine de la rivière Miroja, y compris la rive avec des forges et des fermes. Cependant, après la sécularisation des terres ecclésiastiques au XVIIIe siècle, le territoire du monastère a diminué.

En raison de sa position en dehors des fortifications de Pskov, le monastère devenait souvent une cible vulnérable pour les attaques des voisins occidentaux de la Russie. En 1299, les chevaliers livoniens, ayant ravagé le marché de Pskov, ont incendié les monastères de Mirjski et de Snetogorski, tuant Vassili Mirjski et l'abbé du monastère de Snetogorski, Ioasaf, qui ont été canonisés par la suite. Selon la légende, les reliques du saint abbé Vassili reposent sous l'autel de la cathédrale de Spaso-Préobrajenski avec les reliques de saint Abraham. Au début du XVIe siècle, le moine Cornilius de Pskovo-Petcherski a étudié au monastère.

En 1581, Stefan Batory a placé des canons sur le clocher du monastère, à partir desquels il a bombardé la ville.

En 1567, sous Ivan le Terrible, une icône de la Mère de Dieu, connue sous le nom d'icône de Mirjski, a été glorifiée au monastère grâce à des miracles.

Au XIXe siècle, le monastère abritait de nombreuses anciennes icônes, la coupe de saint Niphon, l'Évangile, une cuillère en argent offerte par Pierre le Grand au Pskovien Fadey Gouriyev, et deux cloches de 1520 et 1521. Le monastère a été dissous au XXe siècle. Après la révolution de 1917, une station d'excursion de Pskov a été installée dans ses murs. La vie monastique a commencé à renaître en 1994, lorsque l'église du premier martyr Étienne, le bâtiment des frères et la maison du supérieur ont été transférés à l'Éparchie de Pskov par un contrat de location. À cette époque, une école internationale de peinture d'icônes a été créée sous la direction de l'archimandrite Zinon. Après que les catholiques ont été autorisés à célébrer des services et à communier dans le monastère, une excommunication a été imposée. En 1997, le métropolite Eusebius a consacré la nouvelle école de peinture d'icônes.

Le 1er mai 2010, l'ensemble des bâtiments et des terrains du monastère, à l'exception de la cathédrale de Spaso-Préobrajenski et des petites cellules, a été transféré à l'Église orthodoxe russe pour un usage gratuit. En 2011, une école de peinture d'icônes pour les enfants de Pskov a commencé à fonctionner au monastère.