Das genaue Gründungsdatum des Klosters ist unbekannt, aber es wird allgemein angenommen, dass es in der Mitte des 12. Jahrhunderts von dem heiligen Niphont, dem Bischof von Nowgorod, gegründet wurde, der möglicherweise griechischer Herkunft war. Das Kloster, das in der Nähe der Pskower Grenze liegt, war eines der kulturellen Zentren der Stadt. Hier wurde die Pskower Chronik geführt, es gab eine Bibliothek, eine Schreibwerkstatt und eine Ikonenmalerei-Werkstatt. Die Abtei war wohlhabend und erstreckte sich über die gesamte Flussniederung der Mirözh, einschließlich des Ufers mit Schmieden und Wirtschaftshöfen. Nach der Säkularisierung der Kirchenländer im 18. Jahrhundert wurde das Gebiet des Klosters jedoch kleiner.

Aufgrund seiner Lage außerhalb der Befestigungen von Pskow wurde das Kloster oft ein verwundbares Ziel für Angriffe der westlichen Nachbarn Russlands. Im Jahr 1299 verbrannten die livländischen Ritter, die den Pskower Handel verwüsteten, die Mirözhski und Snetogorski Klöster und töteten den heiligen Wasilij von Mirözh und den Abt des Snetogorski Klosters Joasaf, die später heiliggesprochen wurden. Der Legende nach ruhen die Reliquien des heiligen Abtes Wasilij im Altarraum der Spaso-Transfiguration Kathedrale zusammen mit den Reliquien des heiligen Abraham. Zu Beginn des 16. Jahrhunderts wurde der fromme Schüler Kornilius von Pskowo-Petschery im Kloster ausgebildet.

Im Jahr 1581 platzierte Stefan Batory Kanonen auf dem Glockenturm des Klosters, von denen aus die Stadt beschossen wurde.

Im Jahr 1567, zur Zeit von Iwan dem Schrecklichen, wurde im Mirözhski Kloster das Wunder der Ikone der Gottesmutter gefeiert, die den Namen Mirözhskaja erhielt, dank der Wunder.

Im 19. Jahrhundert wurden im Kloster viele alte Ikonen, der Kelch des heiligen Niphont, das Evangelium, ein silberner Kessel, der von Peter dem Ersten dem Pskower Fadey Guryev geschenkt wurde, und zwei Glocken aus den Jahren 1520 und 1521 aufbewahrt. Das Kloster wurde im 20. Jahrhundert aufgelöst. Nach der Revolution von 1917 wurde in seinen Mauern die Pskower Exkursionsstation untergebracht. Das klösterliche Leben begann 1994 wieder zu erwachen, als die Kirche des ersten Märtyrers Stefan, der Bruderschaftsbau und das Haus des Abtes im Rahmen eines Pachtvertrags an das Pskower Erzbistum übergeben wurden. Gleichzeitig wurde eine internationale Ikonenmalerschule unter der Leitung von Archimandrit Zinon gegründet. Nachdem den Katholiken erlaubt wurde, im Kloster einen Gottesdienst abzuhalten und die Kommunion zu empfangen, wurde ein Verbot über das Kloster verhängt. Im Jahr 1997 weihte Metropolit Jewsewij die neue Ikonenmalerschule.

Am 1. Mai 2010 wurde der gesamte Gebäudekomplex und das Gelände des Klosters, mit Ausnahme der Spaso-Transfiguration Kathedrale und der kleinen Zellen, der Russischen Orthodoxen Kirche zur kostenlosen Nutzung übergeben. Im Jahr 2011 begann im Kloster eine Ikonenmalerschule für Kinder aus Pskow.