La fecha exacta de la fundación del monasterio es desconocida, pero se cree que fue fundado a mediados del siglo XII por el santo Nifont, obispo de Novgorod, quien posiblemente era de origen griego. El monasterio, ubicado cerca de la frontera de Pskov, fue uno de los centros culturales de la ciudad. Aquí se llevó a cabo la Crónica de Pskov, había una biblioteca, un taller de copistas y un taller de iconografía. La comunidad era rica, ocupando toda la llanura del río Mirózh, incluyendo la orilla con forjas y granjas. Sin embargo, tras la secularización de las tierras eclesiásticas en el siglo XVIII, el territorio del monasterio se redujo.

Debido a su ubicación fuera de las fortificaciones de Pskov, el monasterio a menudo se convertía en un objetivo vulnerable para los ataques de los vecinos occidentales de Rusia. En 1299, los caballeros livonios, tras devastar el asentamiento de Pskov, incendiaron los monasterios de Mirózh y Snetogorsk, matando a Basilio de Mirózh y al igumen del monasterio de Snetogorsk, Ioasaf, quienes más tarde fueron canonizados. Según la tradición, las reliquias del santo igumen Basilio reposan bajo el altar de la parte del altar de la catedral de Spaso-Preobrazhensky junto con las reliquias del santo Abraham. A principios del siglo XVI, el venerable discípulo Cornelio de Pskovo-Pechersky estudió en el monasterio.

En 1581, Esteban Báthory colocó cañones en la torre del campanario del monasterio, desde donde bombardeó la ciudad.

En 1567, durante el reinado de Iván el Terrible, se hizo famosa en el monasterio un ícono de la Madre de Dios, conocido como el ícono de Mirózh, gracias a sus milagros.

En el siglo XIX, el monasterio albergaba numerosas antiguas íconos, la copa del santo Nifont, el Evangelio, un cucharón de plata, regalo de Pedro el Grande al pskovita Fadey Guryey, y dos campanas de 1520 y 1521. El monasterio fue disuelto en el siglo XX. Tras la revolución de 1917, en sus muros se estableció la estación de excursiones de Pskov. La vida monástica comenzó a renacer en 1994, cuando la iglesia del Primer Mártir Esteban, el edificio del hermano y la casa del superior fueron entregados a la diócesis de Pskov bajo un contrato de arrendamiento. También se creó una escuela internacional de iconografía bajo la dirección del archimandrita Zinón. Después de que se permitió a los católicos celebrar servicios y comulgar en el monasterio, se le impuso una excomunión. En 1997, el metropolitano Evsevy consagró una nueva escuela de iconografía.

El 1 de mayo de 2010, todo el complejo de edificios y terrenos del monasterio, excepto la catedral de Spaso-Preobrazhensky y las pequeñas celdas, fue entregado a la Iglesia Ortodoxa Rusa para su uso gratuito. En 2011, comenzó a funcionar en el monasterio una escuela de iconografía para los niños de Pskov.