Le premier temple à l'emplacement de la cathédrale Spaso-Transfiguration a été fondé peu après la création de Nijni Novgorod. C'était une église en l'honneur de la Transfiguration du Seigneur, construite par le grand duc de Vladimir, Youri Vsevolodovitch, entre 1225 et 1227. Lorsque le duché de Nijni Novgorod est devenu indépendant, le prince Constantin Vassilievitch a construit à sa place une grande cathédrale, également en l'honneur de la Transfiguration du Seigneur, consacrée en 1352. Une ancienne icône du Sauveur Non-Fait de Main d'Homme, peinte en Grèce, a été transférée ici depuis Souzdal. En 1377 et 1378, le temple a été gravement endommagé par des incursions tatares, mais l'icône a pu être évacuée. Dans les années 1380, le grand duc de Nijni Novgorod, Dmitri Constantinovitch, a restauré la cathédrale. Au XVIIe siècle, le tsar Michel Fiodorovitch et le patriarche Philaret, en remerciement aux Nijni Novgorodiens pour la libération de Moscou, ont alloué des fonds pour la construction d'une nouvelle cathédrale, car l'ancienne était en ruine. Les travaux ont été dirigés par l'architecte Lavrenti Vozoulin. La nouvelle église, construite sur le modèle de la cathédrale de l'Assomption de Moscou, a été achevée en 1632, mais consacrée seulement en 1652 sous le tsar Alexis Mikhaïlovitch. L'ancienne cathédrale est restée à côté encore plus de 40 ans. En 1672, les tombes des princes de Nijni Novgorod et les restes de Kouzma Minine ont été transférés dans la nouvelle cathédrale. Celle-ci est devenue cathédrale. En 1816, les services religieux ont cessé en raison de l'état de délabrement, et en 1829, elle a été démolie. Un an plus tard, une nouvelle cathédrale à cinq dômes et à trois autels a été fondée, consacrée à l'automne 1834. L'artiste Jeleznov a peint ses murs d'ici 1837. Dans le sous-sol de la cathédrale, des tombes de princes, d'archevêques et de Kouzma Minine ont été placées. Au début des années 1850, l'archevêque Jacob Vecherkov a béni la création de trois autels avec des iconostases dans le sous-sol, et celui-ci est devenu un « temple funéraire ». L'autel principal a été consacré en l'honneur de l'icône de Kazan de la Mère de Dieu le 26 août 1851, le droit, en l'honneur du grand martyr Démétrius de Thessalonique le 26 octobre 1853, et le gauche, le 26 février 1852 au nom des saints martyrs Cosme et Damien. Les autels ont été consacrés en l'honneur des saints dont les noms portaient le prince Pojarski et le citoyen Minine. À l'origine, la cathédrale avait un seul autel en l'honneur de la Transfiguration du Seigneur, puis deux chapelles ont été ajoutées : la droite, en l'honneur de l'icône de la Mère de Dieu de Tous les Affligés, en mémoire de l'ancienne cathédrale, et la gauche, en l'honneur du prince Georges, fondateur de Nijni Novgorod. Dans les années 1870, du côté nord de la cathédrale, au-dessus de la tombe de Kouzma Minine, une chapelle a été construite selon le projet de l'architecte L.V. Dal, consacrée le 12 août 1874. Cinq ans après son achèvement, la cathédrale a été visitée par le marquis de Custine, impressionné par sa grandeur et son ancien aspect.

À l'ouest de la cathédrale se tenait la tour de la cloche. Après l'incendie de 1715, qui a détruit l'ancienne tour, le métropolite Silvestre de Volhynie a initié la construction d'une nouvelle tour de cloche en pierre sous la forme d'un pilier octogonal avec un toit en forme de tente. En 1716, des horloges anciennes de la tour de l'Horloge du Kremlin y ont été transférées, qui sonnaient sur de petites cloches, dont le nombre a atteint douze. Après la révolution, la cathédrale a été fermée en août 1918. En 1924 et 1929, la tour de cloche a été démolie, et le temple lui-même a été détruit en 1929 pour la construction de la Maison des Soviets. Avant l'explosion, une partie des tombes a été ouverte, et les restes ont été transférés au Musée régional. Lors du creusement des fondations pour la Maison des Soviets, on s'est souvenu de la tombe de Minine, et ses restes ont été transférés au musée. En 1962, à l'occasion du 350e anniversaire des événements de 1612, les restes de Minine ont été réinhumés dans la cathédrale de l'archange Michel.

Aujourd'hui, à l'emplacement de la cathédrale Spaso-Transfiguration se trouve le bâtiment de l'administration de Nijni Novgorod. En 2005, une croix commémorative a été installée à proximité en mémoire de la cathédrale, et en 2012, une chapelle a été construite en l'honneur du Sauveur Non-Fait de Main d'Homme. En 2008, une croix commémorative en pierre en l'honneur des saints Cyrille et Méthode a été transférée à la Maison des Soviets, qui se tenait auparavant près de la cathédrale de l'archange Michel.

En 2020, la reconstruction de la tour de la cathédrale a commencé à l'emplacement historique dans le cadre des préparatifs pour le 800e anniversaire de Nijni Novgorod en 2021. Le projet incluait également la construction d'un pont piétonnier à travers l'avenue Ivanovski.