El primer templo en el lugar de la Catedral de la Transfiguración fue fundado poco después de la fundación de Nizhni Nóvgorod. Era una iglesia en honor a la Transfiguración del Señor, construida por el gran príncipe Vladimir Yuri Vsevolodovich entre 1225 y 1227. Cuando el principado de Nizhni Nóvgorod se volvió independiente, el príncipe Konstantin Vasilyevich construyó en su lugar una gran catedral, también en honor a la Transfiguración del Señor, consagrada en 1352. Desde Suzdal, se trasladó aquí una antigua imagen del Salvador No Hecho por Manos, pintada en Grecia. En 1377 y 1378, el templo sufrió graves daños por las incursiones tártaras, pero la icono fue evacuada a tiempo. En la década de 1380, el gran príncipe de Nizhni Nóvgorod Dmitry Konstantinovich restauró la catedral. En el siglo XVII, el zar Mikhail Fyodorovich y el patriarca Filaret, en agradecimiento a los habitantes de Nizhni Nóvgorod por liberar Moscú, destinaron fondos para la construcción de una nueva catedral, ya que la antigua estaba en ruinas. Las obras fueron dirigidas por el arquitecto Lavrenty Vozoulin. La nueva iglesia, construida a imagen de la catedral de la Asunción de Moscú, fue completada en 1632, pero consagrada solo en 1652 durante el reinado de Alexei Mikhailovich. La antigua catedral permaneció al lado durante más de 40 años. En 1672, se trasladaron al nuevo templo las tumbas de los príncipes de Nizhni Nóvgorod y los restos de Kuzma Minin. La catedral se convirtió en catedral. En 1816, los servicios religiosos se detuvieron debido a su deterioro, y en 1829 fue desmantelada. Un año después, se fundó una nueva catedral de cinco cúpulas y tres altares, consagrada en otoño de 1834. El artista Zheleznov pintó sus paredes para 1837. En el sótano de la catedral se colocaron las tumbas de príncipes, arzobispos y Kuzma Minin. A principios de la década de 1850, el arzobispo Iakov Vecherkov bendijo la creación de tres altares con iconostasios en el sótano, y este se convirtió en un "templo funerario". El altar principal fue consagrado en honor a la icono de Kazán de la Madre de Dios el 26 de agosto de 1851, el derecho, en honor al gran mártir Dimitri de Salónica el 26 de octubre de 1853, y el izquierdo, el 26 de febrero de 1852 en nombre de los santos mártires Cosme y Damián. Los altares fueron consagrados en honor a los santos cuyos nombres llevaban el príncipe Pozharsky y el ciudadano Minin. Inicialmente, la catedral tenía un solo altar en honor a la Transfiguración del Señor, luego se añadieron dos capillas: la derecha, en honor a la icono de la Madre de Dios de Todos los Que Lloran Alegría, en memoria de la catedral desmantelada, y la izquierda, en honor al príncipe Jorge, fundador de Nizhni Nóvgorod. En la década de 1870, se construyó una capilla al norte de la catedral sobre la tumba de Kuzma Minin, diseñada por el arquitecto L.V. Dal, consagrada el 12 de agosto de 1874. Cinco años después de su finalización, el marqués de Custine visitó la catedral, impresionado por su grandeza y antiguo aspecto.

Al oeste de la catedral se encontraba el campanario. Después del incendio de 1715, que destruyó el antiguo campanario, el metropolitano Silvestre Volynski inició la construcción de un nuevo campanario de piedra en forma de pilar octogonal con un techo a dos aguas. En 1716, se trasladaron a él antiguos relojes de la Torre del Reloj del Kremlin, que sonaban en las pequeñas campanas, cuyo número llegó a doce. Después de la revolución, la catedral fue cerrada en agosto de 1918. En 1924 y 1929, se desmanteló el campanario, y el templo fue volado en 1929 para la construcción de la Casa de los Soviets. Antes de la explosión, se abrieron algunas tumbas, y los restos fueron entregados al Museo Regional. Al excavar los cimientos para la Casa de los Soviets, se recordó la tumba de Minin, y sus restos fueron entregados al museo. En 1962, con motivo del 350 aniversario de los eventos de 1612, los restos de Minin fueron reenterrados en la catedral de San Miguel Arcángel.

Ahora, en el lugar de la Catedral de la Transfiguración, se encuentra el edificio de la administración de Nizhni Nóvgorod. En 2005, se instaló una cruz conmemorativa cerca en memoria de la catedral, y en 2012 se construyó una capilla en honor al Salvador No Hecho por Manos. En 2008, se trasladó una cruz de piedra en honor a los santos Cirilo y Metodio a la Casa de los Soviets, que anteriormente se encontraba junto a la catedral de San Miguel Arcángel.

En 2020, comenzó la recreación del campanario de la catedral en su lugar histórico como parte de los preparativos para el 800 aniversario de Nizhni Nóvgorod en 2021. El proyecto también incluía la construcción de un puente peatonal a través de la bajada de Ivanovsky.