L'abbaye a été fondée le 19 août 1260, lorsque le prince de Belozersk, Gleb Vasilkovich, petit-fils du grand prince de Rostov, Constantin Vsevolodovich, s'est échappé d'une tempête et a fait le vœu de construire un monastère à l'endroit où ses navires accosteront. Les vagues ont échoué les navires sur l'île de Pierre le jour de la Transfiguration du Seigneur, où le prince a trouvé des ermites prêchant le christianisme parmi les païens locaux. Ils avaient une chapelle pour prier. Le prince a tenu son vœu en construisant un temple en l'honneur de la Transfiguration du Seigneur et en fondant l'abbaye, dont le supérieur est devenu le vieil homme Théodore.

L'abbaye Spaso-Kamenny a dès le début été sous la protection des princes de Belozersk et a rapidement prospéré, attirant des ascètes et renforçant sa situation matérielle. Depuis l'époque du prince Dmitri Donskoy, le monastère est devenu connu des princes moscovites.

Au XVe siècle, le monastère Spaso-Kamenny est devenu un centre religieux et culturel important, où ont œuvré Dionysius Glushitsky, Alexandre Kushtsky et Ioasaf Kamensky.

En 1925, le pouvoir soviétique a fermé le monastère. Les moines ont été expulsés, et dans les bâtiments, on a tenté d'établir une colonie pour mineurs délinquants, qui se sont rapidement dispersés. À l'automne, un incendie a endommagé de nombreux bâtiments. Après la fermeture, le plus ancien temple du Nord de la Russie a été détruit par une explosion, laissant un tas de gravats.

En 1937, la cathédrale Spaso-Transfiguration a été dynamitée pour récupérer des briques pour la construction d'une Maison de la culture, mais celles-ci n'ont jamais été utilisées. Pendant la Grande Guerre patriotique, un point de réception et de transformation du poisson a été organisé sur l'île.

En 1991, l'architecte Alexandre Asafov et l'ingénieur Alexandre Pligin ont commencé à restaurer le monastère avec la bénédiction de l'archevêque Mikhaïl Mudyugin. Après la mort d'Asafov et l'arrêt du financement, Pligin a continué les travaux à ses frais, s'appuyant sur l'aide de sa famille et de ses amis. Ils ont restauré l'hôtel du monastère, construit une chapelle et commencé la restauration du clocher de l'Assomption.

En 2006, un évêché a été établi sur l'île « Monastère Spaso-Kamenny », dont le supérieur est devenu l'igoumène Dionysius Vozdvizhensky. En 2009, le premier service a eu lieu dans le temple de l'Assomption, et en 2010, l'archevêque Maximilian a consacré le temple, et les services sont devenus réguliers.

D'ici 2010, la restauration de l'église-clocher de l'Assomption était achevée. Depuis 2012, l'igoumène Nestor Kumysh est devenu le supérieur. En 2015, la reconstruction du corps des frères et du supérieur a commencé, mais le financement a été suspendu en 2016 et 2017.

Le 6 octobre 2017, le Saint-Synode a décidé d'ouvrir le monastère masculin Spaso-Kamenny de la Transfiguration et a nommé l'igoumène Dionysius Vozdvizhensky. En 2018, un concours a été annoncé pour la restauration de l'église de l'Assomption de la Sainte Vierge. Les travaux ont été évalués à 31 969 659 roubles. La même année, la restauration du corps des frères a commencé.

Le 23 septembre 2018, les reliques du bienheureux Ioasaf Kamensky ont été restituées au monastère. Le 5 mai 2019, l'archevêque Ignatij Deputatov a appelé à la collecte de fonds pour le déblaiement des décombres et la restauration du temple principal du monastère.