Die Abtei wurde am 19. August 1260 gegründet, als der weißrussische Fürst Gleb Wasilkowitsch, Enkel des großen Fürsten von Rostow Konstantin Wsewolodowitsch, vor einem Sturm Zuflucht suchte und ein Gelübde ablegte, ein Kloster an dem Ort zu errichten, wo sein Schiff an Land gehen würde. Die Wellen trieben die Schiffe am Tag der Verklärung des Herrn an die Steinhinsel, wo der Fürst Einsiedler fand, die das Christentum unter den einheimischen Heiden predigten. Sie hatten eine Kapelle zum Beten. Der Fürst erfüllte sein Gelübde, indem er einen Tempel zu Ehren der Verklärung des Herrn baute und die Abtei gründete, deren Abt der Alte Theodor wurde.

Das Spaso-Kamenny Kloster stand von Anfang an unter dem Schutz der weißrussischen Fürsten und blühte schnell auf, zog Asketen an und festigte seine materielle Basis. Seit der Zeit des Fürsten Dmitri Donskoi wurde das Kloster auch den Moskauer Fürsten bekannt.

Im 15. Jahrhundert wurde das Spaso-Kamenny Kloster zu einem bedeutenden religiös-kulturellen Zentrum, in dem Dionysius Gluschitsky, Alexander Kushtsky und Joasaf Kamensky lebten.

1925 schloss die sowjetische Macht das Kloster. Die Mönche wurden vertrieben, und in den Gebäuden versuchte man, eine Kolonie für jugendliche Straftäter einzurichten, die bald weggelaufen sind. Im Herbst beschädigte ein Feuer viele Gebäude. Nach der Schließung wurde der älteste Tempel des Russischen Nordens durch eine Explosion zerstört, die nur einen Haufen Schutt hinterließ.

1937 wurde die Spaso-Transfiguration Kathedrale gesprengt, um Ziegel für den Bau eines Kulturhauses zu gewinnen, das jedoch nie genutzt wurde. Während des Großen Vaterländischen Krieges wurde auf der Insel ein Punkt zur Annahme und Verarbeitung von Fisch eingerichtet.

1991 begannen der Architekt Alexander Asafov und der Ingenieur Alexander Pligin mit der Wiederherstellung des Klosters mit dem Segen von Erzbischof Michael Mudjugin. Nach dem Tod von Asafov und der Einstellung der Finanzierung setzte Pligin die Arbeiten mit eigenen Mitteln fort, gestützt auf die Hilfe von Familie und Freunden. Das Klosterhotel wurde wiederhergestellt, eine Kapelle gebaut und die Restaurierung des Uspenski-Glockenturms begonnen.

2006 wurde auf der Insel das Erzbischöfliche Vorwerk „Spaso-Kamenny Kloster“ gegründet, dessen Abt der Igumen Dionysius Wozdwischensky wurde. 2009 fand im Uspenski-Tempel der erste Gottesdienst statt, und 2010 weihte Erzbischof Maximilian den Tempel, und die Gottesdienste wurden regelmäßig.

Bis 2010 wurde die Wiederherstellung der Uspenski-Kirche-Glockenturm abgeschlossen. Ab 2012 wurde Igumen Nestor Kumysch Abt. 2015 begann die Wiederherstellung des Brüderlichen-Abtshauses, aber die Finanzierung wurde 2016 und 2017 eingestellt.

Am 6. Oktober 2017 beschloss der Heilige Synod, das Spaso-Kamenny Transfiguration Männerkloster zu eröffnen und ernannte Igumen Dionysius Wozdwischensky. 2018 wurde ein Wettbewerb zur Restaurierung der Kirche der Himmelfahrt der Heiligen Gottesmutter ausgeschrieben. Die Arbeiten wurden auf 31.969.659 Rubel geschätzt. Im selben Jahr begann die Wiederherstellung des Brüderlichen Hauses.

Am 23. September 2018 wurden die Reliquien des heiligen Joasaf Kamensky ins Kloster zurückgebracht. Am 5. Mai 2019 rief Metropolit Ignatij Deputatov zur Sammlung von Mitteln für den Abriss der Trümmer und die Wiederherstellung des Haupttempels des Klosters auf.