La comunidad fue fundada el 19 de agosto de 1260, cuando el príncipe de Belozersk, Gleb Vasilkovich, nieto del gran príncipe de Rostov, Konstantin Vsevolodovich, se salvó de una tormenta y prometió construir un monasterio en el lugar donde sus barcos tocaran tierra. Las olas llevaron los barcos a la Isla de Kamenny el día de la Transfiguración del Señor, donde el príncipe encontró a ermitaños que predicaban el cristianismo entre los paganos locales. Tenían una capilla para oraciones. El príncipe cumplió su promesa, construyendo un templo en honor a la Transfiguración del Señor y fundando la comunidad, cuyo abad fue el anciano Teodor.

Desde el principio, la comunidad Spaso-Kamenny estuvo bajo la protección de los príncipes de Belozersk y prosperó rápidamente, atrayendo a ascetas y fortaleciendo su posición material. Desde los tiempos del príncipe Dmitry Donskoy, el monasterio se hizo conocido también entre los príncipes de Moscú.

En el siglo XV, el monasterio Spaso-Kamenny se convirtió en un importante centro religioso y cultural, donde trabajaron Dionisio Glushitsky, Alexander Kushtsky e Ioasaf Kamensky.

En 1925, el poder soviético cerró el monasterio. Los monjes fueron expulsados, y en los edificios intentaron establecer una colonia para delincuentes juveniles, que pronto se dispersaron. En otoño, un incendio dañó muchos edificios. Después del cierre, el templo más antiguo del Norte de Rusia fue destruido por una explosión, dejando un montón de escombros.

En 1937, la catedral Spaso-Transfiguración fue volada para obtener ladrillos para la construcción de una Casa de Cultura, pero nunca se usaron. Durante la Gran Guerra Patria, se organizó en la isla un punto de recepción y procesamiento de pescado.

En 1991, el arquitecto Alexander Asafov y el ingeniero Alexander Pligin comenzaron a restaurar el monasterio con la bendición del arzobispo Mikhail Mudjugin. Tras la muerte de Asafov y la interrupción del financiamiento, Pligin continuó los trabajos con sus propios recursos, apoyándose en la ayuda de familiares y amigos. Restauraron la posada del monasterio, construyeron una capilla y comenzaron la restauración del campanario de la Asunción.

En 2006, se estableció en la isla el convento arzobispal "Monasterio Spaso-Kamenny", siendo el abad el igumen Dionisio Vozdvizhensky. En 2009, se celebró el primer servicio en el templo de la Asunción, y en 2010, el arzobispo Maximilian consagró el templo, y los servicios se volvieron regulares.

Para 2010, se completó la restauración de la iglesia-campanario de la Asunción. Desde 2012, el abad fue el igumen Nestor Kumysh. En 2015, comenzó la recreación del cuerpo de hermanos y abades, pero el financiamiento se detuvo en 2016 y 2017.

El 6 de octubre de 2017, el Sínodo Sagrado decidió abrir el monasterio masculino Spaso-Kamenny de la Transfiguración y nombró al igumen Dionisio Vozdvizhensky. En 2018, se anunció un concurso para la restauración de la iglesia de la Asunción de la Santísima Virgen. Los trabajos fueron valorados en 31,969,659 rublos. Ese mismo año comenzó la restauración del cuerpo de hermanos.

El 23 de septiembre de 2018, se devolvieron al monasterio las reliquias del venerable Ioasaf Kamensky. El 5 de mayo de 2019, el metropolitano Ignatius Deputatov hizo un llamado a la recaudación de fondos para la remoción de escombros y la restauración del templo principal del monasterio.