Initialement, le monastère portait le nom de Spaso-Préobrajenski, mais a été renommé Spaso-Evfimievski en l'honneur du premier abbé, saint Evfimy de Souzdal.

Les constructions en bois du monastère ne se sont pas conservées, et son aspect moderne s'est formé aux XVIe et XVIIe siècles. L'édification de majestueux bâtiments a été rendue possible grâce aux généreux dons de la noblesse. Des contributions significatives ont été faites par le grand-duc Vasily III, son fils Ivan, les princes Pozharsky et d'autres.

Aux murs du monastère, le 7 juillet 1445, une bataille a eu lieu entre les troupes russes sous le commandement de Vasily II et l'armée de Kazan dirigée par les tsarevichs Mahmoud et Yakub, fils du khan Ulu-Mouhammed. Vasily a subi une défaite et a été fait prisonnier.

En 1511, l'archimandrite du monastère est devenu Kirill, qui est ensuite devenu archevêque de Rostov, de Yaroslavl et de Belozersk.

Le monastère est mentionné dans la correspondance d'Ivan le Terrible avec Andreï Kourbski, où le prince émigrant note que les moines du monastère Spassky près de Souzdal sont connus pour leur avarice et leur ivrognerie.

Le principal temple du monastère, la cathédrale Spaso-Préobrajenski, est réalisé dans les traditions de l'architecture ancienne en pierre blanche de Souzdal, se distinguant par sa monumentalité et sa rigueur. Les fresques du XVIe siècle et les peintures des maîtres Guriy Nikitin et Sila Savin ont une valeur particulière.

En 1837, le tsarévitch Alexandre Nikolaïevitch a visité le monastère, et le 16 mai 1913, à l'occasion du 300e anniversaire de la maison des Romanov, l'empereur Nicolas II l'a visité avec les grandes duchesses Olga, Tatiana, Maria et Anastasia.

En 1923 et 1939, un isolateur politique a fonctionné dans l'ancienne prison du monastère, et depuis 1935, une prison de haute sécurité. Parmi les détenus se trouvaient, entre autres, le métropolite Pierre de Kroutitski, l'évêque Alexandre Boyarski, les économistes Nicolas Kondratiev, Leonid Iourovski, ainsi que des figures communistes et du Komsomol comme Vladimir Nevski, Martemyan Rioutine, Lazar Shatskin et Ivan Smirnov.

En 1940, le monastère abritait des militaires internés de la Légion tchèque de l'armée polonaise sous le commandement de Ludvik Svoboda, capturés après la campagne polonaise de l'Armée rouge. En 1941, avec le début de la Grande Guerre patriotique, un camp de filtrage a été organisé ici pour les soldats et officiers de l'Armée rouge ayant subi la captivité ou l'encerclement. 8232 personnes ont traversé le camp. Depuis le 1er janvier 1943, le monastère est devenu un camp de prisonniers de guerre, où étaient détenus des officiers et généraux de la Wehrmacht, ainsi que des armées d'Italie, de Roumanie, de Hongrie et d'Espagne, y compris le maréchal Friedrich Paulus.

De 1946 à 1967, le territoire du monastère a abrité une colonie éducative et de travail pour les mineurs délinquants : d'abord pour les garçons, puis après le soulèvement de 1947, pour les filles. En 1968, le monastère a été transformé en musée.