Ursprünglich trug das Kloster den Namen Spaso-Transfiguration, wurde jedoch später zu Spaso-Evfimiev umbenannt, zu Ehren des ersten Abtes, des heiligen Evfimij von Susdal.

Die hölzernen Gebäude des Klosters sind nicht erhalten geblieben, und sein modernes Erscheinungsbild entstand im 16. und 17. Jahrhundert. Der Bau der majestätischen Bauwerke wurde durch großzügige Spenden des Adels ermöglicht. Bedeutende Beiträge leisteten Großfürst Wassili III., sein Sohn Ivan, die Fürsten Posharsky und andere.

Am 7. Juli 1445 fand an den Mauern des Klosters eine Schlacht zwischen den russischen Truppen unter dem Kommando von Wassili II. und den tatarischen Truppen unter der Führung der Zarewitschen Mahmud und Jakub, Söhne des Khans Ulu-Muhammed, statt. Wassili erlitt eine Niederlage und wurde gefangen genommen.

Im Jahr 1511 wurde der Abt des Klosters Kirill, der später Erzbischof von Rostow, Jaroslawl und Belozersk wurde.

Das Kloster wird in der Korrespondenz von Iwan dem Schrecklichen mit Andrei Kurbsky erwähnt, wo der emigrierte Fürst anmerkt, dass die Mönche des Spaso-Klosters hinter Susdal für ihre Gier und Trunksucht bekannt sind.

Die Hauptkirche des Klosters, die Spaso-Transfiguration Kathedrale, ist im Stil der alten weißen Steinarchitektur von Susdal ausgeführt und zeichnet sich durch Monumentalität und Strenge aus. Besonders wertvoll sind die Fresken aus dem 16. Jahrhundert und die Malereien der Meister Gurij Nikitin und Sila Savin.

Im Jahr 1837 besuchte der Thronfolger Alexander Nikolajewitsch das Kloster, und am 16. Mai 1913, anlässlich des 300-jährigen Bestehens des Hauses Romanow, besuchte Kaiser Nikolai II. mit den Großfürstinnen Olga, Tatjana, Maria und Anastasia.

In den Jahren 1923 und 1939 war in dem ehemaligen Klostergefängnis ein politischer Isolator tätig, und seit 1935 ein Gefängnis besonderer Bestimmung. Hier wurden unter anderem Metropolit Peter von Krutitsy, Bischof Alexander Bojarsky, die Ökonomen Nikolai Kondratjew, Leonid Jurovsky sowie kommunistische und komsomolische Aktivisten wie Wladimir Newski, Martemyan Ryutin, Lazar Shatskin und Ivan Smirnov festgehalten.

Im Jahr 1940 befanden sich im Kloster internierten Soldaten der Tschechischen Legion der polnischen Armee unter der Führung von Ludvik Svoboda, die nach dem Polenfeldzug der Roten Armee gefangen genommen wurden. 1941, mit dem Beginn des Großen Vaterländischen Krieges, wurde hier ein Überprüfungs- und Filterlager für Soldaten und Offiziere der Roten Armee organisiert, die in Gefangenschaft oder Einkreisung geraten waren. Durch das Lager passierten 8232 Personen. Ab dem 1. Januar 1943 wurde das Kloster zu einem Lager für Kriegsgefangene, in dem Offiziere und Generäle der Wehrmacht sowie der Armeen Italiens, Rumäniens, Ungarns und Spaniens, einschließlich Feldmarschall Friedrich Paulus, festgehalten wurden.

Von 1946 bis 1967 befand sich auf dem Gelände des Klosters eine Erziehungs- und Arbeitskolonie für jugendliche Straftäter: zunächst für Jungen und nach dem Aufstand von 1947 für Mädchen. 1968 wurde das Kloster in ein Museum umgewandelt.