Le temple de la Trinité dans la ville d'Oboyan a été fondé en 1898, remplaçant l'église de la Trinité construite en 1743. La construction a avancé rapidement, et les services religieux ont commencé avant son achèvement. Le temple, achevé en 1908, est devenu le principal d'Oboyan, unissant les paroisses du temple de la Trinité et de l'église de Saint Alexandre Nevski, qui est restée annexe jusqu'en 1917. Le marché central était situé autour du temple.

En 1917, la paroisse a été fermée par décision du Conseil des députés du peuple d'Oboyan et a été utilisée à d'autres fins. Au printemps et en été 1943, les services dans le temple ont repris, et ses sous-sols servaient de refuge contre les bombardements aériens allemands.

Le 22 décembre 1990, des cloches ont été installées dans le temple. De 1990 au 19 août 1993, le temple était sous le contrôle des schismatiques, jusqu'à ce qu'il soit libéré par les forces de l'OMON.

En 2008, le centenaire de la consécration du temple a été célébré, et en 2009, des travaux de rénovation intérieure ont commencé.