Le monastère de Sviyato-Dukhovo est mentionné pour la première fois dans les chroniques de 1162. À la fin du XVIe siècle, trois églises en pierre y étaient déjà construites : celle du Saint-Esprit, de la Trinité et de Nicolas le Miracleux. Cependant, à la fin du XVIIIe siècle, comme beaucoup d'autres monastères, il a été supprimé et les moines transférés à Valaam.

En 1786, le monastère a été restauré, mais en tant que monastère féminin. Il a existé sous cette forme jusqu'à la révolution, appartenant à la première classe des monastères de Russie. Aujourd'hui, parmi tous les bâtiments, subsistent la cathédrale de la Descente du Saint-Esprit, l'église de la Sainte Trinité avec le réfectoire et plusieurs autres bâtiments, dont l'un abrite l'Archives d'État historique de la région de Novgorod.

Le monastère n'a pas subi de destructions significatives, bien qu'une partie de la peinture intérieure ait été perdue. L'église de la Trinité a été restaurée en 1963, et la cathédrale du Saint-Esprit, entre 1984 et 1985.

Le monastère de Sviyato-Dukhovo a été plusieurs fois saccagé, mais a toujours été restauré, et de nombreuses reliques ont été conservées dans ses murs jusqu'à récemment. En 1913, les reliques d'Euphémie la Glorieuse et de saint Moïse, ainsi que son bâton, s'y trouvaient. Il y avait aussi des icônes miraculeuses de saint Nicolas, peintes vers 1500, et la Descente du Saint-Esprit sur les Apôtres, datant d'au plus tard 1357. L'emplacement actuel de ces reliques est inconnu.

La cathédrale du Saint-Esprit est un temple à quatre colonnes et à coupole unique de la fin du XIXe siècle, décoré dans le style « néo-russe », ce qui est rare dans la région de Novgorod. L'église de la Trinité est un petit temple sans colonnes avec un réfectoire du côté ouest, dont les façades ressemblent aux constructions novgorodiennes du milieu du XVIe siècle. Dans le réfectoire se trouvent des locaux de services domestiques et cultuels, dont l'architecture combine des traditions locales et moscovites.

Au début des années 1920, le monastère a été fermé, et la cathédrale a été transférée en 1926 au Gubarkhivburo pour créer un entrepôt. Pendant la Seconde Guerre mondiale, les autorités allemandes ont utilisé la cathédrale comme entrepôt. Aujourd'hui, la rue où se trouve le complexe monastique porte le nom de Dukhovskaya Musy Jalil.