El monasterio de Sviyazhsk se menciona por primera vez en los anales en el año 1162. Para finales del siglo XVI, ya había tres templos de piedra en su territorio: el del Espíritu Santo, el de la Trinidad y el de San Nicolás el Milagroso. Sin embargo, a finales del siglo XVIII, al igual que muchos otros monasterios, fue disuelto y los monjes fueron trasladados a Valaam.

En 1786, el monasterio fue restaurado, pero ya como monasterio femenino. Existió de esta manera hasta la revolución, perteneciendo a la primera clase de monasterios de Rusia. Hoy en día, de todos los edificios, se han conservado la catedral de la Descensión del Espíritu Santo, la iglesia de la Trinidad Vivificante con el refectorio y varios otros edificios, uno de los cuales alberga el Archivo Histórico Estatal de la Región de Novgorod.

El monasterio no sufrió daños significativos, aunque parte de la pintura en los interiores se ha perdido. La iglesia de la Trinidad fue restaurada en 1963, y la catedral del Espíritu Santo, entre 1984 y 1985.

El monasterio de Sviyazhsk ha sido objeto de saqueos en varias ocasiones, pero siempre se ha restaurado, y muchas reliquias se han conservado en sus muros hasta tiempos recientes. En 1913, aquí se encontraban las reliquias de Santa Eufimia y del santo Moisés, así como su báculo. También había íconos milagrosos de San Nicolás, pintados alrededor del año 1500, y la Descensión del Espíritu Santo sobre los Apóstoles, datada no más tarde de 1357. Actualmente, se desconoce la ubicación de estas reliquias.

La catedral del Espíritu Santo es un templo de cuatro pilares y una cúpula de dos pisos de finales del siglo XIX, decorado en estilo "neorruso", algo poco común en la región de Novgorod. La iglesia de la Trinidad es un pequeño templo sin pilares con un refectorio en el lado oeste, cuyas fachadas son similares a las construcciones novgorodenses de mediados del siglo XVI. En el refectorio se encuentran espacios de uso doméstico y cultual, cuya arquitectura combina tradiciones locales y moscovitas.

A principios de la década de 1920, el monasterio fue cerrado, y la catedral fue transferida en 1926 a la Oficina del Archivo Regional para crear un almacén. Durante la Gran Guerra Patria, las autoridades alemanas utilizaron la catedral como almacén. Hoy en día, la calle donde se ubica el complejo monástico lleva el nombre de Dukhóvskaya Musy Jalil.