Au XVIIe siècle, Noginsk était connu comme le village de Rogozha, où se trouvait, à l'emplacement de la cathédrale actuelle, l'église de saint Nicolas. En 1755 et 1767, à Rogozha, connue sous le nom de Vieux Rogozhsky Yam, les paroissiens ont construit une église en pierre en l'honneur de l'Épiphanie du Seigneur avec une chapelle dédiée à saint Nicolas le Thaumaturge. En 1782, le village est devenu une ville et a été nommé Bogorodsk.

En 1822 et 1824, une salle à manger a été ajoutée à l'église avec des chapelles en l'honneur de la Protection de la Mère de Dieu, en mémoire de la libération de la ville des Français en 1812, coïncidant avec la fête de la Protection, et de saint Nicolas. À cette époque, un clocher à deux niveaux a également été construit. En 1873, l'église est devenue une cathédrale, qui a rapidement été démontée à la demande des paroissiens, et en 1876, une nouvelle église plus spacieuse a été érigée en l'honneur de l'Épiphanie du Seigneur avec les mêmes chapelles. En 1885 et 1886, le clocher a été surélevé d'un troisième niveau, et en 1890, une cloche pesant 1250 pouds, la plus grande dans les villes de district de Russie, a été installée, fondue grâce aux dons des citoyens. Au total, il y avait 13 cloches.

La cathédrale possédait une chapelle en pierre dans l'enceinte de l'église avec plus de 90 icônes, une maison en pierre à deux étages près de la cathédrale, construite en 1834, une chapelle en pierre sur la place de la ville, érigée en mémoire du sauvetage de la famille impériale le 17 octobre 1888, une maison en pierre à deux étages sur la rue Shosseynaya avec un magasin et un bâtiment en bois, un bâtiment en bois de plain-pied sur le terrain de l'église et une maison de gardien en bois, construite en 1896.

Depuis 1895, le futur saint martyr Constantin de Bogorodsk, le prêtre Constantin Alexeïevitch Goloubiev, a été nommé recteur. Ses reliques ont été retrouvées le 20 novembre 1995 et se trouvent actuellement dans l'église de Tikhvin à Noginsk Bogorodsk.

Plus tard, le recteur de la cathédrale est devenu le prêtre Nicolas Alexandrovitch Speranski, qui a été arrêté et exilé en 1931, est revenu de l'exil au milieu des années 1930, mais a de nouveau été arrêté et exécuté à Boutovo en 1937. Un sort similaire a frappé de nombreux clercs et paroissiens actifs de la cathédrale. En période difficile pour l'Église, le recteur était le saint martyr Sergei Konstantinovitch Makhaev, également exécuté à Boutovo, puis le saint martyr Nicolas Alexandrovitch Andreïev, exécuté le 10 décembre à Boutovo.

La cathédrale a été fermée en 1938, et depuis 1940, le bâtiment a abrité une production de fabrication de bottes liée à des substances toxiques et une station de distribution de gaz. En 1953, le comité exécutif de Noginsk a tenté de détruire les dômes et de démonter le clocher, mais la cathédrale a pu être préservée.

En 1989, l'église a été restituée aux croyants. Un événement important a été le service aux reliques du saint Seraphim de Sarov en août 1991. En 1993, la cathédrale a été saisie par des schismatiques, mais en novembre 1997, elle a été restituée à l'Église orthodoxe russe. Le premier service dans l'église restituée a eu lieu le jour de la découverte des reliques du saint martyr Constantin, le 20 novembre. Peu à peu, la vie paroissiale a repris, des travaux de rénovation ont été effectués et de nouveaux iconostases sculptés avec des icônes peintes ont été installés.

À la cathédrale sont rattachées des chapelles en l'honneur de l'icône de Tikhvin de la Mère de Dieu sur le territoire de la cathédrale, en mémoire des tombés lors de la Grande Guerre patriotique sur la place de la Victoire et une chapelle au cimetière de la ville.