La cathédrale de l'Épiphanie a été fondée en 1693 derrière le mur est du Kremlin d'Irkoutsk. À l'origine, elle était en bois et s'appelait l'église de Pierre et Paul, comme l'une des tours du Kremlin. Tous les bâtiments de l'église ont été détruits dans un incendie en 1716.

Deux ans plus tard, il a été décidé de reconstruire la cathédrale, mais en briques. Les fonds pour sa construction ont été donnés par les habitants et les visiteurs d'Irkoutsk. Six ans après la pose de la première pierre, le chapelle de Pierre et Paul a été construite en l'honneur des saints apôtres Pierre et Paul.

En 1729, la construction du clocher a été achevée, et le 22 juillet de la même année, le chapelle au nom de Jean le Guerrier a été consacré, qui a existé jusqu'en 1818.

Lors du tremblement de terre du 27 juin 1742, la croix sur l'une des petites coupoles de la cathédrale a été endommagée et la coupole en pierre du clocher s'est effondrée, remplacée par un dôme en bois avec un flèche.

La consécration solennelle de la cathédrale de l'Épiphanie a eu lieu le 25 septembre 1746.

En 1755, la construction d'une clôture en pierre autour de l'église a commencé. Dans les années 1760, trois chapelles ont été ajoutées à la cathédrale à trois autels : une du côté sud, en l'honneur de l'icône de Kazan de la Mère de Dieu, et deux du côté nord, en l'honneur de Jean Baptiste et de tous les saints.

En 1771, l'évêque Sophronius d'Irkoutsk a été enterré dans la cathédrale.

Dans la nuit du 23 au 24 avril 1804, un tremblement de terre a eu lieu, entraînant la chute de la croix de la cathédrale et endommageant la cinquième coupole, qui a ensuite été enlevée.

En septembre 1812, la construction d'un deuxième clocher de la cathédrale a commencé. La cloche, fondue en 1797 et pesant plus de 12 tonnes, était suspendue sur des poteaux et était la plus grande de la ville, portant le nom de Grande. Le 30 mars 1815, elle a été élevée sur le nouveau clocher dans le style du classicisme russe, qui a été couvert de fer le 10 juin et surmonté d'une croix.

Les 30 et 31 décembre 1861, lors d'un tremblement de terre au Baïkal, la cathédrale a de nouveau subi de graves dommages : les voûtes se sont fissurées, certaines arches se sont brisées, des cadres sont tombés, et deux colonnes du chœur de Pierre et Paul ont été déplacées.

Dans la seconde moitié du XIXe siècle, un palais épiscopal a été construit à côté de la cathédrale, où se sont installés les appartements de l'évêque et des bureaux administratifs. Avec le temps, la Consistoire spirituelle a été transférée ici, une bibliothèque de périodiques orthodoxes a été créée, et un bâtiment pour l'école spirituelle a été construit. Il y avait aussi une sépulture pour plusieurs évêques d'Irkoutsk.

En 1894, la construction de la cathédrale de Kazan a été achevée, où le siège de l'évêché d'Irkoutsk a été transféré, ce qui a signifié la perte du statut de cathédrale pour la cathédrale de l'Épiphanie.

Après la Révolution d'Octobre de 1917, la cathédrale de l'Épiphanie a été fermée aux fidèles. Dans son bâtiment, un atelier de confiserie d'une boulangerie a été installé, et l'église a été plusieurs fois réaménagée pour des besoins de production. Le bâtiment de la cathédrale a été divisé en plusieurs étages pour un dortoir.

En 1960, la démolition de la cathédrale de l'Épiphanie et de l'église de la Transfiguration était prévue. L'architecte Galina Oranskaïa est venue de Moscou pour signer les documents. Cependant, au lieu de la démolition, elle s'est occupée de la reconstruction. À ce moment-là, l'église a reçu le statut de monument d'architecture d'importance républicaine. Le clocher à toit en tente, détruit par le tremblement de terre du XVIIIe siècle, a été restauré dans son apparence initiale ; le projet a été réalisé par Oranskaïa elle-même, en utilisant des analogues conservés dans la région de Moscou.

En 1968, les fours de la boulangerie ont été supprimés, et la restauration de la cathédrale a commencé, qui a duré 18 ans. Après la restauration, l'église a été transférée au Musée régional d'Irkoutsk.

En 1994, la cathédrale de l'Épiphanie a été transférée à l'évêché d'Irkoutsk, qui a rapidement commencé à célébrer des offices dans la chapelle de Pierre et Paul.

En 2002, la peinture de l'autel a été achevée.