Die Kathedrale der Epiphanie wurde 1693 hinter der östlichen Mauer des Irkutsker Kremls gegründet. Ursprünglich war sie aus Holz und wurde als Peter-Pauls-Kirche bezeichnet, wie einer der Türme des Kremls. Alle Gebäude des Tempels brannten im Brand von 1716 nieder.

Zwei Jahre später wurde beschlossen, die Kathedrale wieder aufzubauen, jedoch aus Ziegeln. Die Mittel für ihren Bau spendeten die Einwohner und Gäste Irkutsks. Sechs Jahre nach der Grundsteinlegung wurde die Peter-Pauls-Seitenkapelle zu Ehren der heiligen Apostel Petrus und Paulus erbaut.

Im Jahr 1729 wurde der Bau des Glockenturms abgeschlossen, und am 22. Juli desselben Jahres wurde die Kapelle zu Ehren des Heiligen Johannes des Kriegers geweiht, die bis 1818 bestand.

Während des Erdbebens am 27. Juni 1742 wurde das Kreuz auf einer der kleinen Kuppeln der Kathedrale beschädigt und der steinerne Turm des Glockenturms stürzte ein, der durch eine Holzkuppe mit einem Spitzdach ersetzt wurde.

Die feierliche Weihe der Epiphanie-Kathedrale fand am 25. September 1746 statt.

Im Jahr 1755 begann der Bau einer steinernen Umfriedung um den Tempel. In den 1760er Jahren wurden der dreischiffigen Kathedrale drei weitere Kapellen hinzugefügt: eine auf der Südseite zu Ehren der Kazanischen Ikone der Gottesmutter und zwei auf der Nordseite zu Ehren des Heiligen Johannes des Täufers und aller Heiligen.

Im Jahr 1771 wurde der Heilige Sophronius von Irkutsk in der Kathedrale beigesetzt.

In der Nacht vom 23. auf den 24. April 1804 ereignete sich ein Erdbeben, bei dem das Kreuz der Kathedrale fiel und die fünfte Kuppel beschädigt wurde, die später entfernt wurde.

Im September 1812 begann der Bau des zweiten Kathedralenglockenturms. Die 1797 gegossene Glocke mit einem Gewicht von über 12 Tonnen hing an Säulen und war die größte der Stadt, erhielt den Namen „Große“. Am 30. März 1815 wurde sie auf den neuen Glockenturm im Stil des russischen Klassizismus gehoben, der am 10. Juni mit Eisen gedeckt und mit einem Kreuz gekrönt wurde.

Am 30. und 31. Dezember 1861 erhielt die Kathedrale während eines Erdbebens am Baikal erneut schwere Schäden: Die Gewölbe rissen, einige Bögen brachen, Fensterrahmen fielen heraus, und in der Peter-Pauls-Ikonostase verschoben sich zwei Säulen.

In der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts wurde neben der Kathedrale das Erzbischöfliche Anwesen erbaut, in dem die Gemächer des Erzbischofs und Verwaltungsräume untergebracht wurden. Im Laufe der Zeit wurde hier die Geistliche Konsistenz untergebracht, eine Bibliothek für orthodoxe Periodika eingerichtet und ein Gebäude für die Geistliche Schule gebaut. Außerdem gab es eine Grabstätte für mehrere irkutsker Erzbischöfe.

Im Jahr 1894 wurde der Bau der Kazan-Kathedrale abgeschlossen, in die der Bischofssitz der Irkutsker Diözese verlegt wurde, was den Verlust des Status der Kathedrale für die Epiphanie-Kathedrale bedeutete.

Nach der Oktoberrevolution 1917 wurde die Kathedrale der Epiphanie für Gläubige geschlossen. In ihrem Gebäude wurde eine Konditorei des Brotwerks untergebracht, und der Tempel wurde mehrfach für Produktionszwecke umgebaut. Der quadratische Teil des Kathedralgebäudes wurde in mehrere Etagen für ein Wohnheim unterteilt.

Im Jahr 1960 war der Abriss der Epiphanie-Kathedrale und der Erlöserkirche geplant. Für die Unterzeichnung der Dokumente kam die Architektin Galina Oranskaja aus Moskau. Statt des Abrisses widmete sie sich jedoch der Rekonstruktion. Der Tempel erhielt den Status eines Denkmals von republikanischer Bedeutung. Der schiefe Glockenturm, der im 18. Jahrhundert durch ein Erdbeben zerstört worden war, wurde in seiner vermuteten ursprünglichen Form wiederhergestellt; das Projekt wurde von Oranskaja selbst erstellt, unter Verwendung von erhaltenen Analogien aus der Region Moskau.

Im Jahr 1968 wurden die Öfen der Brotproduktion stillgelegt, und die Restaurierung der Kathedrale begann, die 18 Jahre dauerte. Nach der Restaurierung wurde der Tempel dem Regionalen Heimatmuseum übergeben.

Im Jahr 1994 wurde die Kathedrale der Epiphanie der Irkutsker Diözese übergeben, die bald begann, Gottesdienste in der Peter-Pauls-Kapelle abzuhalten.

Im Jahr 2002 wurde die Altarwand fertiggestellt.