La Catedral de la Epifanía fue fundada en 1693 detrás de la pared oriental del Kremlin de Irkutsk. Originalmente era de madera y se llamaba Iglesia de San Pedro y San Pablo, como una de las torres del Kremlin. Todas las construcciones del templo se quemaron en el incendio de 1716.

Dos años después se decidió restaurar la catedral, pero ya de ladrillo. Los fondos para su construcción fueron donados por los habitantes y visitantes de Irkutsk. Seis años después de la colocación de la primera piedra se construyó el altar de San Pedro y San Pablo en honor a los santos apóstoles.

En 1729 se completó la construcción del campanario, y el 22 de julio de ese mismo año se bendijo el altar en nombre de San Juan el Guerrero, que existió hasta 1818.

Durante el terremoto del 27 de junio de 1742, se dañó la cruz en una de las pequeñas cúpulas de la catedral y se derrumbó la linterna de piedra del campanario, que fue reemplazada por una cúpula de madera con un pináculo.

La solemne consagración de la catedral de la Epifanía tuvo lugar el 25 de septiembre de 1746.

En 1755 comenzó la construcción de una cerca de piedra alrededor del templo. En la década de 1760, se añadieron tres altares más a la catedral de tres altares: uno en el lado sur, en honor a la imagen de la Madre de Dios de Kazán, y dos en el lado norte, en honor a San Juan Bautista y a Todos los Santos.

En 1771, el santo Sofronio de Irkutsk fue enterrado en la catedral.

En la noche del 23 al 24 de abril de 1804, ocurrió un terremoto, como resultado del cual cayó la cruz de la catedral y se dañó la quinta cúpula, que más tarde fue retirada.

En septiembre de 1812 comenzó la construcción de un segundo campanario catedralicio. La campana, fundida en 1797 y con un peso de más de 12 toneladas, colgaba de postes y era la más grande de la ciudad, recibiendo el nombre de Grande. El 30 de marzo de 1815, fue elevada al nuevo campanario en estilo neoclásico ruso, que el 10 de junio fue cubierto de hierro y rematado con una cruz.

El 30 y 31 de diciembre de 1861, durante un terremoto en Baikal, la catedral sufrió graves daños nuevamente: se agrietaron las bóvedas, algunos arcos estallaron, se cayeron marcos, y en el iconostasio de San Pedro y San Pablo se desplazaron dos columnas.

En la segunda mitad del siglo XIX, se construyó cerca de la catedral la residencia del arzobispo, donde se instalaron las habitaciones del arzobispo y oficinas administrativas. Con el tiempo, aquí se trasladó la Consistoría Espiritual, se estableció una biblioteca de publicaciones ortodoxas y se construyó un edificio para la escuela teológica. También había una cripta para varios arzobispos de Irkutsk.

En 1894 se completó la construcción de la catedral de Kazán, a la que se trasladó la sede de la diócesis de Irkutsk, lo que significó la pérdida del estatus de catedral para la catedral de la Epifanía.

Después de la Revolución de Octubre de 1917, la Catedral de la Epifanía fue cerrada para los fieles. En su edificio se instaló un taller de confitería de la panadería, y el templo fue reestructurado varias veces para necesidades productivas. La planta del edificio de la catedral fue dividida en varios pisos para un albergue.

En 1960 se planeaba la demolición de la Catedral de la Epifanía y de la Iglesia de la Salvación. Para firmar los documentos, llegó la arquitecta Galina Oranskaya de Moscú. Sin embargo, en lugar de la demolición, se ocupó de la reconstrucción. Entonces, el templo recibió el estatus de monumento arquitectónico de importancia republicana. Se restauró la cúpula de tipo a cuatro aguas, destruida por el terremoto en el siglo XVIII; el proyecto fue elaborado por la misma Oranskaya, utilizando análogos conservados en la región de Moscú.

En 1968 se eliminaron los hornos de la panadería y comenzó la restauración de la catedral, que duró 18 años. Después de la restauración, el templo fue entregado al Museo Regional de Historia.

En 1994, la Catedral de la Epifanía fue entregada a la diócesis de Irkutsk, que pronto comenzó a realizar servicios en el altar de San Pedro y San Pablo.

En 2002 se completó la pintura del altar.