En 1664, sous la bénédiction du métropolite de Rostov, Ion Sisoïevitch, la première église en pierre de la communauté fut construite au nom d'Athanase et de Cyrille. Après l'achèvement de la construction, le temple fut décoré de fresques réalisées par des maîtres de Moscou. Cependant, en 1670, la communauté souffrit d'un incendie. En 1676, une église chaude avec un clocher fut ajoutée du côté nord de la cathédrale, dédiée à Alexis, métropolite de Moscou. Le monastère était petit et entouré d'un mur en pierre bas seulement du côté est et nord-est, tandis que les autres côtés étaient limités par des maisons de particuliers et l'église Spaso-Proboïnskaïa. Sur la façade est de la communauté, donnant sur la rue Proboïnaïa, deux petites tours en pierre furent construites au XVIIIe siècle : l'une servait de portes saintes, et l'autre abritait une chapelle en mémoire de la découverte de l'icône miraculeuse du Sauveur Non-Fait de Main. Le 25 juin 1768, un nouvel incendie se produisit dans la partie centrale de Yaroslavl, après quoi une liste des dommages fut dressée. Le feu endommagea les deux églises, les cellules du higoumène et des frères, la cuisine, l'écurie, le garage, le bain, les caves et la clôture. Les dommages totaux au monastère d'Athanase furent évalués à 1000 roubles. Pendant les travaux de restauration, la peinture de l'église des saints Athanase et Cyrille fut renouvelée, et le chœur en pierre fut remplacé par un chœur en bois. Dans les années 1820-1830, des travaux significatifs d'aménagement furent réalisés au monastère : des appartements en pierre à deux étages pour le supérieur avec une salle à manger furent construits près du mur nord, et deux cellules pour les frères près de la clôture est. Vers 1825, un nouveau chœur fut réalisé pour l'église d'Athanase et Cyrille, et en 1831, l'église chaude fut agrandie et ornée de fresques réalisées par l'artiste Timofeï Medvedev. À cette époque, le monastère reçut également une cloche de 115 pouds provenant de la paroisse de Borisoglebsk, la tour des cloches comptant au total sept cloches. Dans les années post-révolutionnaires, une communauté paroissiale fut enregistrée au monastère, mentionnée pour la dernière fois en 1923. En février 1925, le monastère fut fermé, une partie des biens vétustes fut transférée à l'église du Sauveur sur la Ville et à d'autres temples. Dans les années 1930, les autorités municipales démolirent le clocher du monastère, et divers établissements, y compris l'administration d'une fabrique de meubles, s'installèrent dans les églises et les cellules, tandis que des personnes emménagèrent dans les bâtiments des frères. En 2006, sous la bénédiction de l'archevêque de Yaroslavl et de Rostov, Kirill, l'église des saints Cyrille et Athanase devint une église séminariste, et l'église Spaso-Proboïnskaïa fut également rattachée au séminaire.