Im Jahr 1664 wurde auf das Wohlwollen des Rostower Metropoliten Ionas Sysoevich die erste steinerne Kirche der Abtei im Namen von Athanasius und Kyrill errichtet. Nach Abschluss des Baus wurde der Tempel mit Fresken geschmückt, die von Meistern aus Moskau ausgeführt wurden. Doch im Jahr 1670 litt die Abtei unter einem Brand. 1676 wurde an die Nordseite der Kathedrale eine warme Kirche mit Glockenturm angebaut, die dem Alexius, dem Metropoliten von Moskau, gewidmet wurde. Das Kloster war klein und von einer niedrigen Steinmauer nur an der östlichen und nordöstlichen Seite umgeben, während es auf anderen Seiten von Wohnhäusern und der Spaso-Proboinskaja-Kirche begrenzt wurde. An der östlichen Fassade der Abtei, die zur Probojnaja-Straße zeigte, wurden im 18. Jahrhundert zwei kleine Steintürme errichtet: einer diente als Heilige Pforte, im anderen wurde eine Kapelle zum Gedenken an das Auffinden des wundertätigen Bildnisses des Spas Nerukotvorny eingerichtet. Am 25. Juni 1768 brach im zentralen Teil von Jaroslawl erneut ein Feuer aus, nach dem eine Schadensliste erstellt wurde. Das Feuer beschädigte beide Kirchen, die Zellen des Abtes und der Brüder, die Küche, den Pferdestall, die Wagenremise, die Banja, die Keller und die Umzäunung. Der Gesamtschaden im Athanasiuskloster wurde auf 1000 Rubel geschätzt. Während der Wiederherstellungsarbeiten wurde die Malerei der Kirche der Heiligen Athanasius und Kyrill erneuert, und der steinerne Ikonostase wurde durch einen hölzernen ersetzt. In den 1820er und 1830er Jahren fanden im Kloster bedeutende Arbeiten zur Verbesserung statt: An der Nordwand wurden steinerne zweigeschossige Abtswohnungen mit einer Speisehalle gebaut, an der östlichen Umzäunung zwei Brüderzellen. Um 1825 wurde für die Kirche von Athanasius und Kyrill ein neuer Ikonostase angefertigt, und 1831 wurde die warme Kirche erweitert und mit Fresken geschmückt, die von dem Künstler Timofei Medvedev ausgeführt wurden. Zur gleichen Zeit erhielt das Kloster eine 115-Pud-Glocke aus der aufgelösten Borisoglebsker Gemeinde, insgesamt umfasste der Glockenturm sieben Glocken. In den Jahren nach der Revolution wurde in dem Kloster eine Pfarrei registriert, die zuletzt 1923 erwähnt wird. Im Februar 1925 wurde das Kloster geschlossen, ein Teil des maroden Eigentums wurde an die Kirche des Spas in Gorod und andere Tempel übergeben. In den 1930er Jahren rissen die Stadtbehörden den Glockenturm des Klosters ab, und in den Kirchen und Zellen wurden verschiedene Unternehmen untergebracht, darunter die Verwaltung einer Möbelwerkstatt, während in den Brüdergebäuden Menschen lebten. Im Jahr 2006 wurde auf das Wohlwollen des Erzbischofs von Jaroslawl und Rostow, Kyrill, die Kirche der Heiligen Kyrill und Athanasius zur Seminar-Kirche, und die Spaso-Proboinskaja-Kirche wurde ebenfalls der Seminarie zugeordnet.