En 1664, con la bendición del metropolitano de Rostov, Ionas Sysoevich, se construyó la primera iglesia de piedra de la comunidad en honor a Atanasio y Cirilo. Tras finalizar la construcción, el templo fue decorado con frescos realizados por maestros de Moscú. Sin embargo, en 1670, la comunidad sufrió un incendio. En 1676, se añadió un templo cálido con campanario al lado norte de la iglesia catedral, dedicado a Alexis, metropolitano de Moscú. El monasterio era pequeño y estaba rodeado por un bajo muro de piedra solo en el lado este y noreste, mientras que por los otros lados estaba limitado por edificios de casas particulares y la iglesia de Spaso-Proboinskaya. En la fachada este de la comunidad, que daba a la calle Proboinaya, en el siglo XVIII se construyeron dos pequeñas torres de piedra: una servía como Puertas Santas, en la otra se estableció una capilla en memoria del hallazgo de la milagrosa icono del Salvador No Hecho por Mano. El 25 de junio de 1768, en la parte central de Yaroslavl, ocurrió nuevamente un incendio, tras el cual se elaboró una lista de daños. El fuego dañó ambas iglesias, las celdas del igumen y de los hermanos, la cocina, el establo, el garaje, la sauna, las bodegas y la cerca. El daño total en el monasterio de Atanasio se estimó en 1000 rublos. Durante los trabajos de restauración, se renovó la pintura de la iglesia de los santos Atanasio y Cirilo, y el iconostasio de piedra fue reemplazado por uno de madera. En las décadas de 1820 y 1830, se realizaron trabajos significativos de mejora en el monasterio: se construyeron habitaciones de dos pisos para el superior con un comedor junto a la pared norte, y dos celdas para los hermanos junto a la cerca este. Alrededor de 1825, se hizo un nuevo iconostasio para la iglesia de Atanasio y Cirilo, y en 1831 se amplió el templo cálido y se decoró con frescos realizados por el artista Timofey Medvedev. En ese mismo tiempo, se entregó al monasterio una campana de 115 puds del abolido parroquia de Borisoglebsk, y la campanario incluía un total de siete campanas. En los años posteriores a la revolución, se registró una comunidad parroquial en el monasterio, que se menciona por última vez en 1923. En febrero de 1925, el monasterio fue cerrado, y parte de los bienes en mal estado se entregaron a la iglesia de Spas en Gorodu y otras iglesias. En la década de 1930, las autoridades de la ciudad desmantelaron el campanario del monasterio, y en las iglesias y celdas se establecieron diversas empresas, incluida la administración de una fábrica de muebles, y en los edificios de los hermanos se alojaron personas. En 2006, con la bendición del arzobispo de Yaroslavl y Rostov, Kiril, la iglesia de los santos Cirilo y Atanasio se convirtió en la iglesia del seminario, y la iglesia de Spaso-Proboinskaya también fue asignada al seminario.