Le monastère dédié au Sauveur Non-Fait de Main d'Homme a été définitivement séparé à la fin du XVIe siècle du monastère Nicolas-grec, l'un des plus anciens de Moscou, fondé au XIVe siècle lors de l'aménagement du territoire de la ville de Chine. La première mention du monastère du Sauveur sur la rue Nikolskaya date de 1635, mais il a été inclus dans le plan de Moscou, élaboré par Sigismond sur la base des descriptions de la fin du XVIe siècle à l'époque de Boris Godounov. Le monastère abritait une grande boutique d'icônes, ce qui a déterminé son nom de Zaikono-spassky. Dans les années 1660, grâce aux fonds du boyard et voïvode F. Volkonsky, d'importants travaux d'aménagement ont été réalisés au monastère.

En 1665, le supérieur du monastère est devenu le célèbre éducateur et encyclopédiste du XVIIe siècle, Siméon (Polotsky), qui a fondé une école pour les diacres des ordres moscovites. En 1680, il a été remplacé par son élève Sylvestre (Medvedev), qui a rédigé le premier statut de l'Académie slavono-grecque-latine sous le règne du tsar Fiodor Alexeïevitch. Cependant, en raison de la mort prématurée du tsar et de la "révolte des archers" qui a suivi, l'académie n'a été ouverte qu'en 1685, initialement dans le monastère voisin de l'Épiphanie.

Les fondateurs de l'académie étaient des moines grecs, les frères Joakim et Sophronius Likhudy, diplômés de l'Académie de Padoue. Le programme de l'académie comprenait un large éventail de disciplines humanitaires et scientifiques, et son élève le plus célèbre fut M.V. Lomonossov. Avec l'apparition sous Pierre Ier de nouveaux centres d'éducation laïque, l'académie Zaikono-spassky est progressivement devenue le centre de l'enseignement supérieur ecclésiastique. Elle est restée dans le monastère jusqu'en 1814, lorsqu'elle a été transférée à la Laure de la Trinité-Saint-Serge et transformée en Académie Spirituelle Synodale.

Le complexe architectural moderne du monastère date principalement de la fin du XVIIe et du début du XVIIIe siècle. Au milieu des années 1680, grâce aux fonds du hiérodiacre grec Milétius, des travaux d'aménagement ont été réalisés pour accueillir l'académie. À cette époque, la structure du monastère a pris un caractère régulier, avec des bâtiments formant une place d'honneur devant la cathédrale des années 1660.

Avec l'octroi du statut d'État à l'académie en 1701, la rénovation de la cathédrale a commencé, se poursuivant jusqu'aux années 1730 avec la participation des architectes I. Zaroudny et I. Michourine. La nouvelle cathédrale est devenue un monument architectural remarquable de Moscou au début du XVIIIe siècle. Elle est située sur la crête de la ville de Chine, du côté de la rivière Neglinka, et ferme encore aujourd'hui les panoramas de Zane-glimenie. La cathédrale repose sur un haut socle et présente une solution constructivo-artistique originale, caractéristique de l'architecture de Moscou à cette époque.

Au début du XXe siècle, un bâtiment des Galeries marchandes Nikolsky a été construit sur la rue Nikolskaya selon le projet de L.N. Kekushev, l'un des meilleurs bâtiments de Moscou de l'époque moderne. La façade du bâtiment est ornée de décorations en stuc avec des guirlandes florales et des figures de griffons.

Le monastère Zaikono-spassky a été fermé en 1929 et rétabli en tant que résidence patriarcale en 1992. L'ensemble a été restauré en préparation du programme culturel des Jeux Olympiques de 1980. Des travaux de restauration ont été réalisés dans la cathédrale lors de l'organisation de la paroisse en 1991.