Das dem Nichteingreifenden Heiland gewidmete Kloster wurde Ende des XVI. Jahrhunderts endgültig aus dem Nikolaus-Griechischen Kloster, einem der ältesten in Moskau, das im XIV. Jahrhundert bei der Erschließung des Gebiets von China-Stadt gegründet wurde, herausgelöst. Die erste Erwähnung des Spasski-Klosters in der Nikolskaja-Straße stammt aus dem Jahr 1635, aber es wurde in den Plan von Moskau aufgenommen, der von Sigismund auf der Grundlage von Beschreibungen aus dem späten XVI. Jahrhundert zur Zeit von Boris Godunow erstellt wurde. Im Kloster befand sich ein bedeutender Ikonenladen, was seinen Namen Zaikonospasski bestimmte. In den 1660er Jahren wurden mit Mitteln des Boyaren und Woiwoden F. Wolkonski bedeutende Arbeiten zur Verbesserung des Klosters durchgeführt.

Im Jahr 1665 wurde der bekannte Aufklärer und Enzyklopädist des XVII. Jahrhunderts, Simeon (Polozki), Abt des Klosters, der eine Schule für Diakone der Moskauer Ämter gründete. 1680 wurde er von seinem Schüler Silvester (Medwedew) abgelöst, der die erste Statuten der Slawisch-Griechisch-Lateinischen Akademie unter Zar Fjodor Alexejewitsch verfasste. Aufgrund des baldigen Todes des Zaren und der folgenden „Streletschen Unruhen“ wurde die Akademie jedoch erst 1685 eröffnet, zunächst im benachbarten Bogojawlenski-Kloster.

Die Gründer der Akademie waren griechische Mönche, die Brüder Joakim und Sophronius Lichuda, Diplomanden der Padua-Akademie. Das Programm der Akademie umfasste ein breites Spektrum an geistes- und naturwissenschaftlichen Disziplinen, und der bekannteste ihrer Schüler wurde M.V. Lomonossow. Mit dem Auftauchen neuer Zentren für weltliche Bildung unter Peter I. wurde die Zaikonospasski-Akademie allmählich zum Zentrum der höheren kirchlichen Bildung. Sie blieb bis 1814 im Kloster, als sie in die Dreifaltigkeits-Sergius-Lavra verlegt und in die Geistliche Synodale Akademie umgewandelt wurde.

Der moderne architektonische Komplex des Klosters stammt hauptsächlich aus dem späten XVII. und der ersten Drittel des XVIII. Jahrhunderts. In den mittleren 1680er Jahren wurden mit Mitteln des griechischen Hierodiakons Miletius Arbeiten zur Verbesserung für die Unterbringung der Akademie durchgeführt. Zu dieser Zeit erhielt die Struktur des Klosters einen regelmäßigen Charakter, mit Gebäuden, die einen Ehrenplatz vor dem Kathedralen aus den 1660er Jahren bildeten.

Mit der Verleihung des staatlichen Status an die Akademie im Jahr 1701 begann die Erneuerung der Kathedrale, die bis in die 1730er Jahre mit Beteiligung der Architekten I. Zarudny und I. Michurin andauerte. Die neue Kathedrale wurde zu einem herausragenden Denkmal der Architektur Moskaus der ersten Drittel des XVIII. Jahrhunderts. Sie befindet sich auf dem Höhenzug von China-Stadt, in Richtung des Flusses Neglinka, und schließt bis heute die Panoramen aus Saneglimenija ab. Die Kathedrale steht auf einem hohen Sockel und hat eine originelle konstruktiv-künstlerische Lösung, die für die Architektur Moskaus dieser Zeit charakteristisch ist.

Zu Beginn des XX. Jahrhunderts wurde in der Nikolskaja-Straße das Gebäude der Nikolskij Handelsreihen nach dem Entwurf von L.N. Kekushev erbaut, eines der besten Gebäude Moskaus der Moderne. Die Fassade des Gebäudes ist mit plastischer Dekoration mit Blumenkränzen und Figuren von Greifen geschmückt.

Das Zaikonospasski-Kloster wurde 1929 geschlossen und 1992 als Patriarchalisches Vorwerk wiedereröffnet. Das Ensemble wurde im Rahmen der Vorbereitung des Kulturprogramms der Olympiade 1980 restauriert. In der Kathedrale wurden Restaurierungsarbeiten bei der Organisation der Gemeinde im Jahr 1991 durchgeführt.