El monasterio, dedicado al Salvador No Hecho por Manos, fue finalmente separado a finales del siglo XVI del monasterio Nicolás-Griego, uno de los más antiguos de Moscú, fundado en el siglo XIV durante la colonización del territorio de la Ciudad China. La primera mención del monasterio de Spassky en la calle Nikolskaya data de 1635, pero fue incluido en el plan de Moscú elaborado por Sigismundo basado en descripciones del final del siglo XVI de la época de Boris Godunov. En el monasterio había una gran tienda de íconos, lo que determinó su nombre Zaikonospassky. En la década de 1660, con fondos del boyardo y voivoda F. Volkonsky, se realizaron importantes trabajos de mejora en el monasterio.

En 1665, el conocido educador y enciclopedista del siglo XVII, Simeón (Polotsky), se convirtió en el abad del monasterio, quien fundó una escuela para los diáconos de los órdenes de Moscú. En 1680, fue sucedido por su alumno Silvestre (Medvedev), quien redactó el primer estatuto de la Academia Eslavo-Greco-Latina bajo el zar Feodor Alekseevich. Sin embargo, debido a la pronta muerte del zar y la subsiguiente "confusión de los tiradores", la academia fue inaugurada solo en 1685, inicialmente en el monasterio vecino de Bogoyavlensky.

Los fundadores de la academia fueron los monjes griegos, los hermanos Joakim y Sofronio Likhudy, diplomados de la Academia de Padua. El programa de la academia incluía un amplio rango de disciplinas humanísticas y científicas, y su alumno más conocido fue M.V. Lomonosov. Con la aparición de nuevos centros de educación secular durante el reinado de Pedro I, la Academia Zaikonospassky se convirtió gradualmente en el centro de educación eclesiástica superior. Permaneció en el monasterio hasta 1814, cuando fue trasladada a la Lavra de la Trinidad de San Sergio y transformada en la Academia Sinodal Espiritual.

El complejo arquitectónico moderno del monasterio se remonta principalmente a finales del siglo XVII y la primera tercera del siglo XVIII. A mediados de la década de 1680, con fondos del hierodiácono griego Mileti, se realizaron trabajos de mejora para albergar la academia. En este tiempo, la estructura del monasterio adquirió un carácter regular, con edificios que formaban una plaza ceremonial frente a la catedral de la década de 1660.

Con la concesión del estatus estatal a la academia en 1701, comenzó la renovación de la catedral, que continuó hasta la década de 1730 con la participación de los arquitectos I. Zarudny e I. Michurin. La nueva catedral se convirtió en un destacado monumento de la arquitectura de Moscú de la primera tercera del siglo XVIII. Está situada en la colina de la Ciudad China, hacia el río Neglinka, y aún cierra las panorámicas desde Zaneglimenya. La catedral se encuentra sobre un alto podio y tiene una solución constructiva y artística original, característica de la arquitectura de Moscú de esa época.

A principios del siglo XX, se construyó en la calle Nikolskaya el edificio de los Pasajes Comerciales Nikolsky según el proyecto de L.N. Kekushev, uno de los mejores edificios de Moscú de la época modernista. La fachada del edificio está decorada con ornamentos de estuco con guirnaldas de flores y figuras de grifos.

El monasterio Zaikonospassky fue cerrado en 1929 y reabierto como residencia patriarcal en 1992. El conjunto fue restaurado en preparación para el programa cultural de los Juegos Olímpicos de 1980. Se realizaron trabajos de restauración en la catedral al organizar la parroquia en 1991.