Petr Ivanovitch Choukin est né le 18 février 1853 à Moscou dans une famille de vieux-croyants, fils du célèbre fabricant Ivan Vassilievitch Choukin. Il avait dix frères et sœurs : sept frères et quatre sœurs. Parmi ses frères se trouvaient Dmitri, Nicolas, Ivan et Sergueï Choukine.

Petr et son frère Nicolas ont étudié au pensionnat de Girst à Saint-Pétersbourg. Après avoir terminé en 1871, Petr souhaitait entrer à l'université, mais son père l'a envoyé à l'école de commerce pratique de Berlin. À Berlin, il a assisté aux cours de physique d'Hermann von Helmholtz. Après avoir terminé l'école, il a travaillé dans la maison de commerce Abelsdorff et Meyer à Berlin, puis à partir du printemps 1874, à l'usine de tissage de Savena et Barral à Lyon, étudiant la production de tissus en soie. Il vivait modestement, recevant presque aucune aide de ses parents. En 1876, il a commencé à travailler dans la maison de commission Warburg et Cie à Lyon avec un salaire de deux mille francs. C'est ici qu'il a commencé à collectionner des livres français et des portraits de personnalités célèbres.

À l'été 1878, Petr est retourné à Moscou, et en décembre de la même année, son père a fondé la maison de commerce « I. V. Choukin et fils », qui comprenait Petr et ses frères Nicolas et Sergueï. Au début de son activité de collectionneur, il s'est concentré sur les tapis persans et les œuvres de maîtres japonais, chinois et indiens.

Au début des années 1890, Choukin s'est passionné pour la collection de monuments de l'histoire nationale. Il achetait des objets anciens lors de foires en Russie et chez des antiquaires européens, comme en témoigne sa correspondance.

En 1891, après la mort de son père, Choukin a acheté un terrain rue de la Petite Géorgie pour abriter sa collection. L'architecte B. V. Freidenberg a conçu le musée des « Antiquités russes », dont la construction a commencé en mai 1892 et s'est achevée en septembre 1893. Le musée présentait des gravures anciennes et des objets d'art provenant de Perse, du Japon et de Russie.

Au début du XXe siècle, Choukin a activement participé à des expositions-ventes de collections privées, acquérant à la fois des ensembles complets et des objets individuels de collections célèbres.

En 1897 et 1898, un nouveau bâtiment du musée a été construit selon le projet de l'architecte A. E. Erichson. En 1905, en face de celui-ci, l'architecte F. N. Kolbe a érigé un entrepôt d'un étage.

En 1905, Choukin a transféré sa collection au Musée historique russe à Moscou, pour quoi il a reçu le titre de conseiller d'État effectif. Il a continué à s'occuper du musée jusqu'à la fin de sa vie.

En août 1907, Choukin a épousé Maria Ivanovna Ponomareva, qui avait deux fils d'un premier mariage. En 1908, il a loué un appartement pour sa famille dans la ruelle Mansurovsky.

Petr Ivanovitch Choukin est décédé en 1912 d'une appendicite purulente et a été enterré au cimetière du monastère Pokrovski.