Petr Ivanovich Shchukin nació el 18 de febrero de 1853 en Moscú en una familia de viejos creyentes, del conocido fabricante Ivan Vasilyevich Shchukin. Tenía diez hermanos y hermanas: siete hermanos y cuatro hermanas. Entre sus hermanos estaban Dmitry, Nikolai, Ivan y Sergey Shchukin.

Petr y su hermano Nikolai estudiaron en el internado de Girst en Petersburgo. Después de graduarse en 1871, Petr quería ingresar a la universidad, pero su padre lo envió a la escuela de comercio práctica de Berlín. En Berlín asistió a conferencias de física de Helmholtz. Tras finalizar la escuela, trabajó en la casa comercial Abelsdorff y Meyer en Berlín, y desde la primavera de 1874, en la fábrica de tejidos de Savena y Barral en Lyon, estudiando la producción de tejidos de seda. Vivía modestamente, casi sin recibir ayuda de sus padres. En 1876 comenzó a trabajar en la casa comisionista Warburg y Cía en Lyon con un salario de dos mil francos. Aquí comenzó a coleccionar libros franceses y retratos de personalidades famosas.

En el verano de 1878, Petr regresó a Moscú, y en diciembre de ese mismo año, su padre fundó la casa comercial “I. V. Shchukin con hijos”, que incluía a Petr y sus hermanos Nikolai y Sergey. Al principio de su actividad como coleccionista, se centró en alfombras persas y productos de maestros japoneses, chinos e indios.

Desde principios de la década de 1890, Shchukin se interesó por la colección de monumentos de la historia nacional. Adquiría objetos antiguos en ferias en Rusia y de anticuarios europeos, lo que se confirma en su correspondencia.

En 1891, tras la muerte de su padre, Shchukin compró un terreno en la calle Pequeña Grusinskaya para albergar su colección. El arquitecto B. V. Freidenberg diseñó el museo “Antigüedades Rusas”, cuya construcción comenzó en mayo de 1892 y finalizó en septiembre de 1893. En el museo se exhibieron grabados antiguos y objetos de arte de Persia, Japón y Rusia.

A principios del siglo XX, Shchukin participó activamente en exposiciones-ventas de colecciones privadas, adquiriendo tanto colecciones completas como objetos individuales de colecciones conocidas.

En 1897 y 1898, se construyó un nuevo edificio del museo según el proyecto del arquitecto A. E. Erichson. En 1905, frente a él, el arquitecto F. N. Kolbe erigió un almacén de una planta.

En 1905, Shchukin transfirió su colección al Museo Histórico Ruso en Moscú, por lo que recibió el título de consejero estatal de pleno derecho. Continuó cuidando del museo hasta el final de su vida.

En agosto de 1907, Shchukin se casó con Maria Ivanovna Ponomaryova, quien tenía dos hijos de su primer matrimonio. En 1908, alquiló un apartamento para la familia en el callejón Mansurovsky.

Petr Ivanovich Shchukin falleció en 1912 de apendicitis gangrenosa y fue enterrado en el cementerio del monasterio de Pokrovsky.