Le monastère a été fondé en 1613 par le moine Euphyme, qui s'est installé depuis Veliki Oustioug et a apporté avec lui une icône de la Mère de Dieu. Cette icône, plus tard appelée des Sept Lacs, est devenue célèbre en 1654, lorsqu'elle a, selon la croyance, sauvé de la peste. En mémoire de ces événements, une procession annuelle a été établie le 25 juin, allant du désert des Sept Lacs à Kazan.

Grâce au culte de l'icône, le monastère a commencé à recevoir de généreuses donations. Avec ces fonds, en 1668, la cathédrale en pierre de Smolensk, le principal temple du monastère où l'icône était conservée, a été construite. Aujourd'hui, il ne reste que des ruines du sous-sol. Plus tôt, en 1640, le premier temple en pierre, l'église de l'Ascension, a été érigé.

Au XIXe siècle, trois autres églises et un clocher à plusieurs niveaux ont été ajoutés à ces constructions. La sixième église, dédiée à l'icône de la Mère de Dieu « Réconfort de tous les affligés », a été construite au-dessus de la source sacrée, à un kilomètre du désert.

Le monastère était l'un des plus riches de l'évêché de Kazan. Au XVIIIe siècle, il possédait plus de 500 âmes de paysans. Après la réforme de 1764, lorsque les monastères ont perdu leurs terres avec des paysans, le désert des Sept Lacs a été classé en III classe. Au début du XXe siècle, une école paroissiale, deux auberges en bois et une maison d'accueil fonctionnaient ici.

Depuis 1884, le monastère était sous la direction de l'archevêque de Kazan.

La communauté du monastère comptait plusieurs dizaines de personnes aux XVIIIe et XIXe siècles, atteignant parfois 100 membres. Trois processions étaient organisées chaque année : le 25 juin à Kazan avec l'icône de la Mère de Dieu des Sept Lacs, le 27 juin le retour de l'icône de Kazan et le 16 juillet vers la source de l'église de la Mère de Dieu du monastère.

De 1883 à mai 1908, le moine Gabriel Zyrianov a vécu au monastère, qui a été canonisé comme saint local en 1996.

Le dernier supérieur du monastère avant sa fermeture, l'archimandrite Alexandre, a également été canonisé comme saint Alexandre des Sept Lacs de Sanaksar.

En 1928, le monastère a été fermé et détruit, presque tous ses bâtiments, y compris la cathédrale principale et le clocher, ont été anéantis. Les constructions restantes ont été utilisées pour les besoins d'un sovkhoze local.

En 1996, le territoire du monastère a été restitué à l'Église orthodoxe russe. Actuellement, la communauté du désert est peu nombreuse.

Parmi toutes les églises du monastère, seule une petite église dédiée aux saints Euphyme le Grand et Tikhon de Zadonsk a survécu et a été restaurée. Elle abrite les reliques de Gabriel des Sept Lacs, ainsi qu'une copie vénérée de l'icône de la Mère de Dieu des Sept Lacs. L'icône originale est maintenant conservée dans la cathédrale Pierre-et-Paul de Kazan.