El monasterio fue fundado en 1613 por el monje Efimio, quien se trasladó de Veliky Ustyug y trajo consigo un ícono de la Madre de Dios. Este ícono, posteriormente llamado de los Siete Lagos, se hizo conocido en 1654, cuando, según se cree, salvó de una plaga. En memoria de estos eventos, el 25 de junio se estableció una procesión anual desde el desierto de los Siete Lagos hasta Kazán.

Gracias a la veneración del ícono, el monasterio comenzó a recibir generosas donaciones. Con estos fondos, en 1668 se construyó la catedral de piedra de Smolensk, el templo principal del monasterio, donde se guardaba el ícono. Actualmente, solo quedan las ruinas del sótano. Aún antes, en 1640, se erigió el primer templo de piedra, el de la Ascensión.

En el siglo XIX, se añadieron a estos edificios tres templos más y un campanario de varios niveles. La sexta iglesia, dedicada al ícono de la Madre de Dios "Alegría de Todos los Afligidos", fue construida sobre una fuente sagrada a un kilómetro del desierto.

El monasterio fue uno de los más ricos de la diócesis de Kazán. En el siglo XVIII, poseía más de 500 almas campesinas. Después de la reforma de 1764, cuando los monasterios perdieron tierras con campesinos, el desierto de los Siete Lagos fue clasificado como de III clase. A principios del siglo XX, aquí funcionaba una escuela parroquial, dos posadas de madera y una casa de acogida.

Desde 1884, el monasterio estuvo bajo la administración del arzobispo de Kazán.

La comunidad del monasterio en los siglos XVIII y XIX contaba con varias decenas de personas, a veces llegando a 100. Anualmente se llevaban a cabo tres procesiones: el 25 de junio a Kazán con el ícono de la Madre de Dios de los Siete Lagos, el 27 de junio el regreso con el ícono desde Kazán y el 16 de julio a la fuente de la iglesia de la Virgen de los Afligidos del monasterio.

Desde 1883 hasta mayo de 1908, en el monasterio vivió el anciano Gabriel Ziryánov, quien fue canonizado como santo local en 1996.

El último abad del monasterio antes de su cierre, el archimandrita Alejandro, también fue canonizado como el venerable Alejandro de los Siete Lagos de Sanaksar.

En 1928, el monasterio fue cerrado y destruido; casi todos sus edificios, incluida la catedral principal y el campanario, fueron arrasados. Las construcciones que sobrevivieron se utilizaron para las necesidades de la granja estatal local.

En 1996, el territorio del monasterio fue devuelto a la Iglesia Ortodoxa Rusa. Actualmente, la comunidad del desierto es escasa.

De todas las iglesias del monasterio, solo se ha salvado y restaurado una pequeña iglesia de los santos Efimio el Grande y Tikhon de Zadonsk. En ella se encuentran las reliquias de Gabriel de los Siete Lagos, así como una venerada copia del ícono de los Siete Lagos de la Madre de Dios. El ícono original se conserva actualmente en la catedral de San Pedro y San Pablo de Kazán.